如何用两个面板复制情节？答案

【问题标题】：How to replicate plot with two panels?如何用两个面板复制情节？
【发布时间】：2021-07-20 00:53:56
【问题描述】：

我正在尝试复制这个情节，在这里：

这是这个情节的来源，幻灯片 89：

http://www.drizopoulos.com/courses/Int/JMwithR_CEN-ISBS_2017.pdf

图的顶部是随时间变化的风险函数，而底部绿色曲线是随时间变化的拟合线性混合效应模型。

我已经能够分别绘制这两个，但是，似乎无法使用 par(mfrow=c(2,1)) 或 gridExtra 包将它们组合起来（因为只有一个是 ggplot 对象）。

我在 R 中使用 aids 和 aids.id 数据集（作为 JM 包的一部分）。


# Load packages JM and lattice
library("JM")
library("lattice")
library("ggplot2")

#Fit models
lmeFit.aids <- lme(CD4 ~ obstime + obstime:drug,
    random = ~ obstime | patient, data = aids)

coxFit.aids <- coxph(Surv(Time, death) ~ drug, data = aids.id, x = TRUE)

#Plot longitudinal process
p1<-ggplot(data=aids,aes(x=obstime,y=fitted(lmeFit.aids)))
p1<-p1+geom_smooth(se=FALSE)
p1

#Plot survival process 
library(rms)
p2<-psm(Surv(Time,death)~1,data=aids.id)
survplot(p2,what='hazard')

谢谢！

【问题讨论】：

如果没有您的data，如果我们自己的数据不能充分代表您的结构，我们就没有什么可以提出的建议。以下链接有几个很好的建议可以使问题可重现，即使用dput(x) 提供明确的样本数据。谢谢！ stackoverflow.com/q/5963269、minimal reproducible example 和 stackoverflow.com/tags/r/info
@r2evans，感谢您的评论。我已经相应地更新了我的问题。我正在使用“aids”和“aids.id”数据作为 JM 包的一部分。
（我有点惊讶JM 通过了 CRAN 的测试：它没有在DESCRIPTION 中列出任何导入的包，我认为这是一个严格的要求。）
我分别加载了nlme 和survival 包以获取lme 和coxph，但我无法生成p1 情节，抱怨：x has insufficient unique values to support 10 knots: reduce k。我可以用jitter (stackoverflow.com/questions/30208670/…) 来解决它，但这与你所拥有的任何一个情节都相去甚远。
但是，您问到有关将 ggplot 和基本图形结合起来的问题，也许我的回答有帮助？

标签： r ggplot2 plot mixed-models survival-analysis

【解决方案1】：

在前面，patchwork 允许您将ggplot2 和基本图形组合到一个绘图中。改编自?wrap_elements，

library(ggplot2)
library(patchwork)
gg <- ggplot(mtcars, aes(mpg, disp)) + geom_point()
gg / wrap_elements(full = ~ plot(mtcars$mpg, mtcars$disp))

【讨论】：

成功了，谢谢！我还想出了另一个解决方案，我在下面发布了。

【解决方案2】：

我能够使用survest() 函数在不同时间点提取危害值。然后，我可以使用ggplot 进行绘制，这意味着我可以使用grid.arrange()。

est<-survest(p2,,what='hazard')
hazard<-data.frame(time=est$time, hazard=est$surv)

【讨论】：

grid.arrange 有效。我发现 patchwork 提供所有相同的选项以及更多选项，以防您正在寻找更多选项。