R中的分位数归一化答案

【问题标题】：Quantile normalisation in RR中的分位数归一化
【发布时间】：2020-07-08 18:12:19
【问题描述】：

我正在尝试对数据集进行分位数归一化，但似乎找不到合适的命令。

在 python 中没有太多运气。我检查了 github thingy shawnLYU 但我无法安装 Quantile_Normalize 包，因为 pip 似乎找不到它。之后，我决定使用 R 并且有一个包 preprocessCore 但它说它不适用于我的 R 版本。此外，在文档中它没有说明它支持哪些版本。是的，我已经检查过它是我正在使用的最新版本。请帮我做。

【问题讨论】：

标签： r normalization

【解决方案1】：

我查看了 ShawnLYU 的 GitHub 页面，您可以下载脚本并导入函数。没必要pip install它。

【讨论】：

【解决方案2】：

我制作了一个名为 qnorm 的包，它在 Python 中进行分位数标准化。

import pandas as pd
import qnorm

df = pd.DataFrame({'C1': {'A': 5, 'B': 2, 'C': 3, 'D': 4},
                   'C2': {'A': 4, 'B': 1, 'C': 4, 'D': 2},
                   'C3': {'A': 3, 'B': 4, 'C': 6, 'D': 8}})

print(qnorm.quantile_normalize(df))


         C1        C2        C3
A  5.666667  5.166667  2.000000
B  2.000000  2.000000  3.000000
C  3.000000  5.166667  4.666667
D  4.666667  3.000000  5.666667

有关文档，请参阅 here。

你可以用 pip 轻松安装

pip install qnorm

【讨论】：