如何在“聚合”之后绘制（带误差线）？

Question

我有二维数据（2 次治疗 x 3 天），目标是绘制用 2 条线表示均值和误差线的折线图。但是，当我使用“绘图”来绘制均值时，结果是 3 X 3 正方形的图形（不知道它是什么）。

数据：

 no. ,Treatment, D1,  D2,  D3
 1, A , 4 , 5 , 5
 2, A , 6 , 6 , 4
 3, A , 5 , 7 , 8
 4, B , 2 , 1 , 3
 5, B , 3 , 2 , 2
 6, B , 3 , 2 , 3

我使用aggregate 来计算均值和标准误差。但是，当我使用plot 时，结果很奇怪。

dta=read.table(file ='dta.csv', header = T, sep = ',')

dta.mean=aggregate(dta[,-1:-2], list(dta$Treatment),mean)

plot(dta.mean[1,2:4])

我预计折线图由 2 条线组成（一条是处理 A，另一条是处理 B），y 值是带有误差线的平均值。 请帮助我:(非常感谢！

image1：这是错误的结果

image2：预期的

Answer 1

让我们一步一步来。希望对您有所帮助。

首先我们看看aggregate方法的结果是什么：

  Group.1       D1       D2       D3
1       A 5.000000 6.000000 5.666667
2       B 2.666667 1.666667 2.666667

然后，您对 plot 的调用包括 dta.mean[1,2:4]，因此选择第 1 行和第 2 至第 4 列进行绘图（作为数据框）：

  D1 D2       D3
1  5  6 5.666667

请注意，这仅包括“A”组（第 1 行）和 3 个数值变量（用于 D1、D2 和 D3）。

当您在数据框上调用 plot 时，您将获得问题中提供的散点图矩阵。这显示了 6 个散点图（D1 与 D2、D2 与 D1、D1 与 D3、D3 与 D1、D2 与 D3、D3 与 D2）。这 6 个地块中的每一个都只有一个点。例如，D1 与 D2 是 D1 = 5，D2 = 6。

这是我将采取的方法：

首先，我会melt 数据（reshape2 包）：

library(reshape2)
dta.m <- melt(dta[-1], id = "Treatment")

   Treatment variable value
1          A       D1     4
2          A       D1     6
3          A       D1     5
4          B       D1     2
5          B       D1     3
6          B       D1     3
7          A       D2     5
8          A       D2     6
...

这会使您的数据采用长格式（而不是宽格式）：variable 现在是 D1、D2 或 D3，value 包括这些变量的值。这对ggplot 非常有帮助和整洁。

接下来我会aggregate:

dta.mean = aggregate(value~Treatment+variable, dta.m, mean)

这应该给你这个绘图：

  Treatment variable    value
1         A       D1 5.000000
2         B       D1 2.666667
3         A       D2 6.000000
4         B       D2 1.666667
5         A       D3 5.666667
6         B       D3 2.666667

使用ggplot2：

library(ggplot2)
ggplot(dta.mean, aes(x = variable, y = value, group = Treatment, col = Treatment)) +
  geom_line()

要创建错误栏，您需要再次聚合数据（类似于对均值所做的操作）并且可能使用geom_errorbar。

希望对你有所帮助。