Matplotlib "ValueError: Image size of .... less than 2^16 in each direction" with log scale

Question

玩具问题：

import matplotlib.pyplot as plt

x = [10, 11, 12, 15]
y = [5, 7, 4, 3]
z = ["a", "b", "c", "d"]

fig, ax = plt.subplots(figsize = (6, 6))
ax.bar(x, y)

for i, j in enumerate(zip(y, z)):
    plt.text(i + 10, j[0] - 0.3, s = str(j[0]), color = 'white')
    plt.text(i + 10, j[0] + 0.1, s = str(j[1]), color = 'black')

plt.show()

这将创建一个图，将实际值作为文本标签，不错的东西。由于 x 值之间存在间隙，文本标签并未在每个条形上方对齐。

不用担心，可以插入一些数据：

import matplotlib.pyplot as plt

x = [10, 11, 12, 15]
y = [5, 7, 4, 3]
z = ["a", "b", "c", "d"]

x.insert(3, 13)
x.insert(4, 14)
y.insert(3, 0)
y.insert(4, 0)
z.insert(3, ' ')
z.insert(4, ' ')

fig, ax = plt.subplots(figsize = (6, 6))
ax.bar(x, y)
# ax.set_yscale('log')

for i, j in enumerate(zip(y, z)):
    plt.text(i + 10, j[0] - 0.3, s = str(j[0]), color = 'white')
    plt.text(i + 10, j[0] + 0.1, s = str(j[1]), color = 'black')

plt.show()

甜蜜，正是我们想要的，华丽的情节。

不过……

# ax.set_yscale('log')

如果 set_yscale('log') 未注释：

ValueError: Image size of 384x806494 pixels is too large. It must be less than 2^16 in each direction.

所以你不能在 y 值中有一个 0，因为 log 0 是未定义的。有道理。

除了现在，我无法解决原来的问题，因为 0 不能用于表示空条。

log 1 是 = 0，但是如果插入 1，仍然会显示一个 bar，因为我猜是什么原因？

matplotlib 版本“2.2.3”是否有任何解决方法？ 0不能用，什么能用？

谢谢

Answer 1

一种解决方法是在绘制之前记录您的 y 值并以线性比例绘制：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

x = [10, 11, 12, 15]
y = [5, 7, 4, 3]
z = ["a", "b", "c", "d"]

x.insert(3, 13)
x.insert(4, 14)
y.insert(3, 0)
y.insert(4, 0)
z.insert(3, ' ')
z.insert(4, ' ')

fig, ax = plt.subplots(figsize = (6, 6))

mask = ~np.isinf(np.log(y)) # get mask of non-inf values
ax.bar(np.array(x)[mask], np.log(y)[mask]) # plot only non-inf values

for i, j in enumerate(zip(y, z)):
    if not j[0]: # skip 0 values
        continue

    plt.text(i + 10, np.log(j[0]) - 0.08, s=str(j[0]), color='white', ha='center')
    plt.text(i + 10, np.log(j[0]) + 0.02, s=str(j[1]), color='black', ha='center')

plt.show()

我不得不更改文本的 y 值以使其看起来不错。看看下面的结果：