使用 matplotlib 将误差线添加到图形中答案

【问题标题】：Adding error bars to graph using matplotlib使用 matplotlib 将误差线添加到图形中
【发布时间】：2013-12-03 12:10:21
【问题描述】：

所以现在，我正在尝试向现有图表添加错误栏，但在运行代码时我不断遇到一些错误。下面是它工作时的代码（没有错误栏），我的添加被注释掉了。从中提取信息的文件包含 4 列，第四列是垂直误差。当我运行包含注释掉的行的代码时，我收到以下错误

Traceback (most recent call last):
File "39.py", line 37, in <module>
plot_graph()
File "39.py", line 29, in plot_graph
plt.errorbar(x1,y1, yerr = z1, marker = 'none', linestyle = 'none')
File "/Users/Bashe/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/pyplot.py", line 2697, in errorbar
errorevery=errorevery, capthick=capthick, **kwargs)
File "/Users/Bashe/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/axes.py", line 5758, in errorbar
in cbook.safezip(y, yerr)]
TypeError: unsupported operand type(s) for -: 'str' and 'str'

这是我的代码。希望有人能告诉我是什么导致了这个问题。

import os
import pylab as plt

def plot_graph():
    file='Graph.txt'
    x = []
    y = []
    #z = []
    x1 = []
    y1 = []
    #z1 = []
    t = []
    t1 = []
    for dirpath,dirs,files in os.walk('/Users/Bashe/Desktop/121210 p2/'):
        if file in files:
            infile = open(os.path.join(dirpath, "Graph.txt"), "r")
            for columns in (raw.strip().split() for raw in infile):
                t = columns[0]
                x = columns[1]          
                y = columns[2]
                #z = columns[3]
                x1.append(str(x))
                y1.append(str(y))
                #z1.append(str(z))
            t1.append(str(t))
            savepath = os.path.join(dirpath, 'Mean vs Temperature for %s.png' %(t1[0]))
            plt.plot(x1,y1, marker ='o', linestyle = '--')
            #plt.errorbar(x1,y1, yerr = z1, marker = 'none', linestyle = 'none')
            plt.xlabel('Temperature')
            plt.ylabel('Mean')
            plt.title('Mean vs Temperature for %s probe concentration' %(t1[0]))
            plt.savefig(savepath)
            #plt.show()
            infile.close()

【问题讨论】：

您不应将绘制列的内容转换为str 对象。相反，您应该这样做：x1.append(float(x)) 等。
错误消息的要点是 matplotlib 不期望 str 对象，而你给它的是 str 对象。
一般来说，最好将问题中的代码减少到能显示问题的最少数量。你的问题有很多多余的代码（你循环文件有关系吗？你标记你的轴有关系吗？你保存这个数字有关系吗？）看起来你只是在这里倾倒了你的整个脚本做很多调试自己。

标签： python matplotlib

【解决方案1】：

我认为你想做这样的事情：

x1, y1, z1 = [], [], []
with open(fname, 'r') as infile:
    for columns in (raw.strip().split() for raw in infile):
        # convert all of your values floats
        t, x, y, z = [float(v) for v in columns]
        x1.append(x)
        y1.append(y)
        z1.append(z)
# make a figure and an axes object
fig, ax = plt.subplots()
# ax.plot(x1, y1, 'o')
ax.errorbar(x1, y1, yerr=z1, marker='o')

如果您有类似 csv 数据的内容，您可能还想考虑使用内置的 csv module。

使用上下文管理器打开/关闭文件也是一个好习惯。

【讨论】：

【解决方案2】：

您将x1 和y1 值作为字符串附加到列表中，然后尝试绘制它们。尝试将它们作为浮点数传递，我认为原来的 x 和 y 是。

【讨论】：

【解决方案3】：

我怀疑你应该在这里使用 numpy 数组。 http://matplotlib.org/1.2.1/examples/pylab_examples/errorbar_demo.html 的示例表明了这一点。尝试用 numpy 数组替换 z1 然后你可以做 z1 = np.append(z1, float(z))

【讨论】：

试过了，它只是将错误的最后一行更改为此 TypeError: unsupported operand type(s) for -: 'str' and 'float'
matplotlib 会愉快地吃掉列表（并在内部将它们变成 numpy 数组）
只修复 z 无济于事，您需要将所有数字编号。