在 Python 中使用 Scipy 进行聚类？ （层次聚类）

Question

我对在 Python 中使用 Scipy 进行聚类有点困惑。这是我的源代码：

import scipy.spatial.distance as dist
import numpy, scipy

dataMatrix = numpy.array(matrix)
distMatrix = dist.pdist(dataMatrix, 'euclidean')
distSquareMatrix = dist.squareform(distMatrix)

Y = scipy.cluster.hierarchy.linkage(distSquareMatrix, method='complete')

我是否必须使用“distMatrix”或方形“distSquareMatrix”作为聚类的输入？因为我在其他帖子中看到了这两种方法。但是输出不一样。现在我不确定我必须选择什么。

Answer 1

您需要以压缩形式传递距离矩阵，而无需使用squareform 对其进行转换。 squareform 如果您想自己更轻松地将距离矩阵作为 2D 数组进行操作，则该函数很有用。 scipy.cluster.hierarchy 函数使用压缩形式来节省大约两倍的内存。

我希望这会有所帮助。