R - 与 LME4 一起使用的 LMERConvenienceFunctions 的替代方案或修复方案？

Question

我从https://stats.stackexchange.com/questions/488201/alternatives-to-or-fix-for-lmerconveniencefunctions-for-use-with-lme4 交叉发布此内容，因为有人建议人们在这里可能有更多相关知识。

最近我从 R 版本 3.6 更新到版本 4.0 以进行分析，并注意到 LMERConvenienceFunctions 停止工作。具体来说，我将它与 LME4 结合使用。

每当我尝试对通过LME4，无论数据集如何，我都会遇到错误“pf 中的错误（anova.table[term, "F value"], anova.table[term, "Df"], nrow(model@frame) - : Non-数学函数的数字参数”。我已经在两台不同的计算机上尝试过，结果相同。现在，据我所知，LMERConvenienceFunctions 自 2015 年以来没有更新，所以我不希望修复即将到来。

我尝试恢复到 R 3.6.2，但在使用 R 4.0 发布前不久发布的 LME4 版本时发现了相同的错误。我终于找到了我正在使用的以前的版本，所以这将（希望）为我当前的分析修复它，但如果我想继续使用最新版本的 R 和 LME4，这将无济于事。

LMERConvenience 的其他功能（即 fitLMER.fnc 和 mcp.fnc）似乎工作正常，所以这似乎不是一个系统问题，但它绝对是一个严重阻碍我工作的问题。

是否有人对替代软件包有任何建议，或者任何人都可以提供有关编辑 LMERConvenienceFunctions 软件包的任何建议，以便我可以让损坏的功能再次工作？我没有任何更改包内编码的经验，因此将从那里的基本知识开始。

我也知道通过在我的 R 脚本中添加额外的代码有一些解决方法，正如我在寻找答案时发现的那样，它以前在 2014 年是同一个包的问题 (https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2014q2/022264.html)，但我不熟悉编写那种代码，所以也很感激那里的任何指导。

Answer 1

我设法从 github 上使用 LME4 的可爱的人们那里获得了一些帮助；对于将来遇到此问题的任何人，请注意以下几点：

1. 我已向列出的 LMERConvenienceFunctions 维护者发送电子邮件，要求他们更新 CRAN 版本，使其遵守 CRAN 规则。希望他能做到。

2. 对于那些使用 LME4 和 LMERConvenienceFunctions 但不使用 lmerTest 的用户的修复，最近 anova 表头“Chi Df”和“Df”分别更新为“Df”和“npar”（原因如下： https://github.com/lme4/lme4/issues/528)。这是 LMERConvenienceFunctions 的问题，因为 pamer.fnc 调用了 Df，因此需要更新为调用 npar。此外，bfFixefLMER_F.fnc 调用 pamer.fnc，因此在更新 pamer.fnc 时已修复。对于不确定如何的人，我使用 getAnywhere() 找到了代码并对其进行了修改，因此只需复制下面的代码并将其粘贴到文件开头附近一次：

pamer.fnc <- function (model, ndigits = 4) 
{
    if (length(rownames(anova(model))) == 0) {
        cat("nothing to evaluate: model has only an intercept.\n\n")
        cat("printing model fixed effects:\n")
        fixef(model)
    }
    else {
        dims <- NULL
        rank.X = qr(model@pp$X)$rank
        anova.table = anova(model)
        anova.table = cbind(anova.table, upper.den.df = nrow(model@frame) - 
            rank.X)
        p.values.upper = as.numeric()
        p.values.lower = as.numeric()
        for (term in row.names(anova.table)) {
            p.values.upper = c(p.values.upper, round(1 - pf(anova.table[term, 
                "F value"], anova.table[term, "npar"], 
                nrow(model@frame) - rank.X), ndigits))
            model.ranef <- ranef(model)
            lower.bound <- 0
            for (i in 1:length(names(model.ranef))) {
                dims <- dim(model.ranef[[i]])
                lower.bound <- lower.bound + dims[1] * dims[2]
            }
            p.values.lower = c(p.values.lower, 1 - pf(anova.table[term, 
                "F value"], anova.table[term, "npar"], 
                nrow(model@frame) - rank.X - lower.bound))
        }
        dv <- gsub(" ", "", gsub("(.*)~.*", 
            "\\1", as.character(model@call)[2]))
        ss.tot <- sum((model@frame[, dv] - mean(model@frame[, 
            dv]))^2)
        aov.table <- as.data.frame(anova(model))
        expl.dev <- vector("numeric")
        for (i in rownames(aov.table)) {
            expl.dev <- c(expl.dev, aov.table[i, 2]/ss.tot)
        }
        names(expl.dev) <- rownames(aov.table)
        anova.table = round(cbind(anova.table, upper.p.val = p.values.upper, 
            lower.den.df = nrow(model@frame) - rank.X - lower.bound, 
            lower.p.val = p.values.lower, `expl.dev.(%)` = expl.dev * 
                100), ndigits)
        return(anova.table)
    }
}

（您可能还需要再次单独运行 bfFixefLMER_F.fnc 的函数脚本，让 R 知道应该从更新版本的 pamer.fnc 调用 bfFixefLMER_F.fnc）

1. 对于那些使用 LME4 和 LMERConvenienceFunctions 但也使用 lmerTest 的用户的修复，您需要 1) 使用 numDF 而不是 npar，或 2) 将“anova.table = anova(model)”替换为“anova .table = anova(model, dff = "lme4") 在 lmerTest 3.0 及以后的版本中。这似乎是由于 anova.lmerModLmerTest 函数（在 lmerTest 3.0 中添加）覆盖了对 anova() 的调用，使用 Type III Satterthwaite 分析列在 lme4 之前，导致未指定 dff 时默认为。