Paraview 可以读取我的 NetCDF4 (HDF5) 文件吗答案

【问题标题】：Can Paraview read my NetCDF4 (HDF5) fileParaview 可以读取我的 NetCDF4 (HDF5) 文件吗
【发布时间】：2018-03-29 12:34:22
【问题描述】：

我了解 paraview 可以通过其 VTK 后端读取经典的 netcdf 文件。然而，经过几次尝试，我无法让它读取使用增强数据模型的 netcdf 4 文件。我想使用新的文件格式，因为它允许使用 MPI 进行并行输出。

我从http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/examples/programs/ 编译了一个示例 C 程序，将创建标志更改为 NC_NETCDF4，并尝试在我通过 ubuntu 包管理器安装的 paraview (v4.0.1) 中打开生成的文件。它总是告诉我“找不到读者（...）。请选择一个：（...）” 但是，没有一个可供选择的阅读器实际上可以阅读该文件。

谁能告诉我

paraview 根本无法打开 netcdf 4 文件，或者
它需要某种安装标志并重新安装
paraview 中有一些神奇的选项我还没有找到？

【问题讨论】：

标签： vtk netcdf paraview

【解决方案1】：

解决方案是从套件下载站点下载当前版本，而不是 ubuntu 包管理器中的版本。显然，ubuntu 的 paraview 包中的一些安装标志设置错误。

【讨论】：

【解决方案2】：

xmdf 文件也帮助我使用旧版本的 paraview 读取 netcdf 文件。

实际上我用它们来处理另一个问题我不确定它对你是否重要，netcdf 文件是根据数组索引保存的。如果您希望使用正确的物理坐标在 paraview 上可视化它们，我认为唯一的方法是创建一个xmdf 文件。 不确定这是否是唯一的方法，如果有其他方法，请评论，也请看看我的question：

一个示例 xmdf 文件如下所示：

<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []>
<Xdmf xmlns:xi="http://www.w3.org/2001/XInclude" Version="2.0">
   <Domain>
      <Grid Name="gridxyz">
        <Topology TopologyType="3DSMesh" NumberOfElements="064 0129 0513">
        </Topology>
<!-- Read Coordinates -->
        <Geometry GeometryType="X_Y_Z">
           <DataItem Name="X" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridx
           </DataItem>
           <DataItem Name="Y" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridy
           </DataItem>
           <DataItem Name="Z" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridz
           </DataItem>
        </Geometry>
<!-- Read Scalar -->
        <Attribute Name="ux1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/ux1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uy1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc/uy1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uz1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/uz1
           </DataItem>
        </Attribute>
     </Grid>
   </Domain>
</Xdmf>

【讨论】：

【解决方案3】：

我在 OS X 上使用 Paraview 5.5.0-RC3 时遇到了同样的问题。通过将 NetCDF 文件保存在 'classic mode' 中解决了这个问题，如下所示：

from netCDF4 import Dataset
foo_dataset = Dataset("foo.nc", "w", format="NETCDF4_CLASSIC")

【讨论】：