使用光栅写入压缩的 netCDF4 文件答案

【问题标题】：Writing compressed netCDF4 files with raster使用光栅写入压缩的 netCDF4 文件
【发布时间】：2015-06-04 11:13:59
【问题描述】：

我想使用 raster 包编写压缩的 netCDF4 文件。 ncdf4 和 rgdal 安装正确。

但是，以下内容无法返回 netCDF4 压缩文件：

library(raster)
r <- raster() <- runif(86400)
r[] <- <- runif(86400)
writeRaster(r, "test.nc", options=c("COMPRESS=DEFLATE", "FORMAT=NC4"))

实际上它只是返回一个标准的 netCDF 文件：

bash $ > cdo sinfo test.nc 
   File format : netCDF

不仅未压缩，甚至 netCDF4。

根据 GDAL 文档，这些选项应该可以工作（请参阅“创建选项”下的 here）。根据光栅手册，writeRaster下：

选项：字符。文件格式特定的 GDAL 选项。例如，当编写可以使用的 geotiff 文件： options=c("COMPRESS=NONE", "TFW=YES")

可能出了什么问题？

【问题讨论】：

如果可以的话，避免使用writeRaster 来编写NetCDF，而更喜欢ncdf4 包中的函数。它将允许您使用压缩（在函数 ncvar_def 中）。

标签： r raster gdal rgdal

【解决方案1】：

ncdf 文件不是通过 GDAL 写入的，因为 rgdal 包（至少是 Windows 上的二进制版本）不附带 ncdf 驱动程序。相反，writeRaster 使用包 ncdf 或（最好）ncdf4，因此您必须使用 ncdf4 包（在 ncvar_def 函数中）提供的参数。也就是说，您可以使用 compression=7，它会自动将文件转换为 ncdf4 格式。但是，raster 的当前版本会忽略这些参数。我已经在 R-Forge 的开发版本（版本 2.4-7）中修复了这个问题，你可以这样做：

writeRaster(r, "test.nc", datatype='INT2S', force_v4=TRUE, compression=7)

（force_v4 参数被传递给nc_create）。

【讨论】：

谢谢。我认为应该在手册中指定：我知道raster 使用了ncdf4，但在writeRaster 手册条目中，options 中只提到了GDAL。我将尝试开发版本。再次感谢您的回复和优秀包。