删除所有值为 0 的列答案

【问题标题】：Delete columns where all values are 0删除所有值为 0 的列
【发布时间】：2020-08-23 18:01:39
【问题描述】：

我有一个带有15000 列的数字矩阵。我想完全删除 all 值为0 的列。

     col1     col2     col3     col4
row1  1        0        0        1
row2  3.4      0        0        2.4
row3  0.56     0        0        0
row4  0        0        0        0

在这里，我想删除列col2 和col3，并保留其余列。我怎么能用R做到这一点？谢谢

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

做同样事情的更快方法（快 3 - 5 倍）是

M[,colSums(M^2) !=0]

编辑：添加了此处建议的各种方法的时间细节。 @Dwin 使用 M[, colSums(abs(M)) ! == 0] 建议的方法似乎工作得最快，尤其是当矩阵很大时。如果有其他解决方案，我会更新基准测试报告。

m <- cbind(rnorm(1000),0)
M <- matrix(rep(m,7500), ncol=15000)

f_joran   = function(M) M[, !apply(M==0,2,all)]
f_ramnath = function(M) M[, colSums(M^2) != 0]
f_ben     = function(M) M[, colSums(M==0) != ncol(M)]
f_dwin    = function(M) M[, colSums(abs(M)) != 0]

library(rbenchmark)
benchmark(f_joran(M), f_ramnath(M), f_ben(M), f_dwin(M), 
   columns = c('test', 'elapsed', 'relative'), 
   order = 'relative', replications = 10)


          test elapsed relative
4    f_dwin(M)  11.699 1.000000
2 f_ramnath(M)  12.056 1.030515
1   f_joran(M)  26.453 2.261133
3     f_ben(M)  28.981 2.477220

【讨论】：

@Ramnath：使用abs()可能比平方更快
@Dwin。你是对的。 abs() 确实似乎比对矩阵求平方更快。有关时间安排，请参阅我的答案。
嘿，感谢您的时间安排。我会得出结论，我错了。 3% 的差异不值得麻烦。
为了健壮性，我会添加drop=F，例如f_dwin = function(M) M[, colSums(abs(M)) != 0, drop = F]

【解决方案2】：

这个怎么样，使用apply和all：

M <- as.matrix(data.frame(a=runif(10),b=rep(0,10),c=runif(10),d=rep(0,10)))

M[,which(!apply(M,2,FUN = function(x){all(x == 0)}))]

【讨论】：

你可以稍微压缩一下：M[,which(!apply(M==0,2,all))]
或者更进一步：M[ , !apply(M==0,2,all)]
光滑。如果数据中没有零，您可以将零换成 NA，转置矩阵，应用 complete.cases 并转回。只是把它放在那里......

【解决方案3】：

您提到了 15,000 列，但没有提到行数。如果有几千行并且速度是一个问题，colSums 将比apply 快很多。

m <- cbind(rnorm(1000),0)
M <- matrix(rep(m,7500), ncol=15000)
system.time(foo <- M[,which(!apply(M==0,2,all))])
#   user  system elapsed 
#   1.63    0.23    1.86 
system.time(bar <- M[,colSums(M)!=0])
#   user  system elapsed 
#  0.340   0.060   0.413
identical(foo,bar)
# [1] TRUE

【讨论】：

使用colSums(M) != 0的问题是矩阵中可能有负值。
啊，真的；我没有看到你的答案。我开始发布我的，被打断了，30 分钟后完成了。