将精确值与跨列的许多有效数字进行比较

Question

我有一张包含许多不同有效数字的数字表。我需要跨列找到这些数字的完全匹配 - 例如

find_mz_matches <- data.frame("mz1" = c(3.14222, 314.12003, 214.220, 
254.111223, NA, NA, NA, NA, NA), "mz2" = c(3.14222, 456.2200001, NA, 
NA, NA, NA, NA, NA, NA), "mz3" = c(300.112223, 456.2200001, 3.14222, 
254.111223, 900.232, 476.0012503, 459.00201, 500.60402, 300.4053102))

我想知道 mz1 和 mz2、mz2 和 mz3 之间以及最后所有三列之间共享哪些值。

因此，比较 mz1 和 mz2 应该得出：

 mz1_v_mz2
 3.14222
 456.2200001

并比较所有三个：

mz_all
3.14222

我拼凑了一些几乎可以工作的东西，但问题是它在某个地方四舍五入，我的输出包括相似但不相同的数字，例如3.14222 不应与 3.14223 匹配。它还在输出中包含 NA，这是不需要的。

duplicates_across1 <- find_mz_matches[find_mz_matches$mz1 
%in% find_mz_matches$mz2, ]

这应该可以比较前两列，所以我想我会获取输出并再次进行下一次比较 - 将duplicates_across1的输出与find_mz_matches$mz3进行比较。出于某种原因，它没有在所有三列之间捕捉到 3.14222 的存在，我不知道为什么。

duplicates_all <- duplicates_across1[duplicates_across1$mz1 
%in% find_mz_matches$mz3, ]

Answer 1

这是一个非常 lapply-y 的答案，它比较每个组合并将结果存储在列表中。如果您也有超过 3 列，它应该是灵活的。祝你好运！

# Creating all combinations of columns in a list (and flattening it with unlist)
combos <- unlist(lapply(2:ncol(find_mz_matches), combn, x = find_mz_matches, simplify = F), recursive = F)

# Checking for common elements
common_elements <- lapply(combos, function(x) Reduce(base::intersect, x))

# Renaming the elements
names(common_elements) <- sapply(lapply(combos, names), paste, collapse = "_")

common_elements
$mz1_mz2
[1] 3.14222      NA

$mz1_mz3
[1]   3.14222 254.11122

$mz2_mz3
[1]   3.14222 456.22000

$mz1_mz2_mz3
[1] 3.14222

Answer 2

见Reduce():

Reduce(intersect, find_mz_matches, accumulate = T)
Reduce(intersect, find_mz_matches, accumulate = T, right = T)

accumulate 参数是可选的 - 它只是用来向您展示正在发生的事情。供您使用，您可以将其取出，它会导致 3.14222。

Reduce(intersect, find_mz_matches)
[1] 3.14222

Answer 3

我会这样做：

find_mz_matches <- data.frame("mz1" = c(3.14222, 314.12003, 214.220, 
                                        254.111223, NA, NA, NA, NA, NA), "mz2" = c(3.14222, 456.2200001, NA, 
                                                                                   NA, NA, NA, NA, NA, NA), "mz3" = c(300.112223, 456.2200001, 3.14222, 
                                                                                                                      254.111223, 900.232, 476.0012503, 459.00201, 500.60402, 300.4053102))
find_mz_matches$mz_allmz1mz2 <- ifelse(find_mz_matches$mz1 == find_mz_matches$mz2 ,find_mz_matches$mz1   , NA)
find_mz_matches$mz_allmz2mz3 <- ifelse(find_mz_matches$mz2 == find_mz_matches$mz3 ,find_mz_matches$mz2   , NA)

之后，如果不存在冲突，我将合并结果列。