为“R CMD Rd2pdf”设置“texi2dvi”

Question

我的texi2dvi 显然在R CMD Rd2pdf 没想到的地方。我的是/usr/local/bin/texi2dvi，正在/usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi寻找它：

[KenMacBook:~/git] % \R CMD Rd2pdf missing
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in running tools::texi2pdf()

我可以通过运行R_TEXI2DVICMD=/usr/local/bin/texi2dvi R CMD Rd2pdf 来解决这个问题，然后正确构建文档。

我想将该设置放在我的.Rprofile 中，这样 RStudio（不会读取我的.zshrc）和其他随机 R 会话之类的东西就会看到该设置。但以下两项似乎对我的.Rprofile 没有任何影响：

Sys.setenv(R_TEXI2DVICMD='/usr/local/bin/texi2dvi')
options(texi2dvi='/usr/local/bin/texi2dvi')

我猜.Rprofile 不会被R CMD 命令读取，对吗？有合适的地方放置我的设置吗？

更新：

由于 Dirk 怀疑我对 .RProfile 影响 R CMD Rd2pdf 的怀疑 :-)，这是我的证据：

[KenMacBook:~/git] % tail -n2 ~/.Rprofile
Sys.setenv(TEXI2DVI='/no/where')
cat("End of RProfile\n")

[KenMacBook:~/git] % Rscript -e '2+2'    
End of RProfile
[1] 4

[KenMacBook:~/git] % R CMD Rd2pdf missing
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
Output:

Error in running tools::texi2pdf()

请注意，文件的设置在正常的 R 会话中受到尊重，但设置 TEXI2DVI 在此处无效。

Answer 1

这似乎是错误的，因为 /usr/local/bin/texi2dvi 应该在 $PATH 中。 我有

edd@max:~$ grep texi2dvi /etc/R/Renviron
## used for options("texi2dvi")
R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/bin/texi2dvi'}}
edd@max:~$ 

请注意，如果您想设置 TEXI2DVI 环境变量，您可能必须在启动 R 之前启动 -- 想想 ~/.bash_profile

这是一个示例显式设置TEXI2DVI：

edd@max:/tmp$ TEXI2DVI=/no/where R CMD Rd2pdf Rcpp-package.Rd 
Converting Rd files to LaTeX ...
  Rcpp-package.Rd
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: 1: /no/where: not found
Output:

Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: 1: /no/where: not found
Output:

Error in running tools::texi2pdf()
edd@max:/tmp$ 

如您所见，它受到尊重。

编辑：另外，我们不要忘记Renviron 和Renviron.site，所以你有很多选择，所以设置他的。

编辑 2： 你似乎怀疑~/.Rprofile：

edd@max:~$ tail -1 .Rprofile
cat("End of .Rprofile\n")
edd@max:~$ Rscript -e '2+2'
End of .Rprofile
[1] 4
edd@max:~$ 

Answer 2

遇到了同样的问题并想出了如何解决它 - 我认为这与之前安装的 macports 干扰了使用 brew 安装 R 时的路径有关（假设你在 OSX 上）。

在终端中运行以下命令：

defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles TRUE

然后转到 Apple > 强制退出 > Finder > 重新启动。您现在可以看到隐藏文件。

在您的用户目录中可能有一个名为 .profile 的文件，在此文件中我注释掉了该行（即在其前面放一个 #，如图所示）。

#export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH

然后导航到您的 R.home() （通过在 R 中运行 R.home() 来获取）

R.home()
[1] "/usr/local/Cellar/r/3.2.4_1/R.framework/Resources"

并在 Renviron 中修改以下行

R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/local/bin/texi2dvi'}}

这为我解决了问题。

让finder恢复正常运行

defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles FALSE

在终端中重新启动它。

希望对您有所帮助。

Answer 3

与 Dirk 的反复讨论产生了一些解决方案，但它们都被埋没了，所以我在这里总结一下。

诊断：etc/Renviron 包含陈旧信息。

我的/usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Versions/3.2/Resources/etc/Renviron 文件（使用Homebrew 安装）包含这一行：

R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi'}}

这是在默认位置安装MacTeX 的某个人（可能是我，可能是 Homebrew 的 R 包创建者）的残余，然后该路径在Renviron 文件中及时冻结。我的texi2dvi 现在位于/usr/local/bin/texi2dvi，因此需要以某种方式覆盖此值。

1) $HOME/.Rprofile 和 $HOME/.Renviron 无济于事。

它们不会很快生效以使 R 注意到它们。 R根据启动时看到的环境设置options("texi2dvi")，

% tail -n2 ~/.Rprofile
Sys.setenv(TEXI2DVI='/no/where')
options(texi2dvi='/no/where/else')

% cat ~/.Renviron
TEXI2DVI=/no/where/at/all

% R CMD Rd2pdf myPackageDirectory   # Still no joy
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory
...

有关启动文件的更多信息，请参阅“Initialization at Start of an R Session”，尽管如上所示，该文档中关于覆盖R_HOME/etc/Renviron 的信息对于这种情况要么不正确要么不完整。也许应该在关于R_CHECK_ENVIRON 和R_BUILD_ENVIRON 的部分中对其进行修改，以包括一些关于R CMD RD2* 的内容，但我不确定这是否是怎么回事，我只知道这不是一个解决方案。

2) $HOME/.zshrc（和朋友）不会帮忙。

在 OS X 上，启动 GUI 应用程序时不会参考您的 shell 启动文件。您可以 use defaults write or launchctl setenv 更改 TEXI2DVI 变量，以便在 R 启动时设置它，但您还必须将它粘贴在您的 shell 启动文件中，以用于由 launchd 启动的进程非，这很恶心。我也是version my dotfiles，我不喜欢在launchctl ether 中坚持这一点配置，因为我不容易记住它在那里。但是launchctl 大概是解决这个问题的一种方法。

3) etc/Renviron.site 无济于事。

这个令人惊讶 - 我预计它会起作用：

% cat /usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/etc/Renviron.site
R_TEXI2DVICMD=/usr/local/bin/texi2dvi
TEXI2DVI=/usr/local/bin/texi2dvi

% \R CMD Rd2pdf myPackageDirectory
Hmm ... looks like a package
Converting Rd files to LaTeX 
Creating pdf output from LaTeX ...
Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet,  : 
  Running 'texi2dvi' on 'Rd2.tex' failed.
Messages:
sh: /usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi: No such file or directory

所以Renviron.site 的设置在这里没有生效。我越来越不耐烦了，所以我没有尝试诊断原因。

3) 编辑etc/Renviron 作为最后的手段

所以这终于奏效了：

% grep TEXI2DVI /usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/etc/Renviron 
TEXI2DVI=/usr/local/bin/texi2dvi  ## Added by Ken
R_TEXI2DVICMD=${R_TEXI2DVICMD-${TEXI2DVI-'/usr/local/opt/texinfo/bin/texi2dvi'}}

我不太喜欢它，因为我下次升级 R 时会丢失这些设置。而且 R 的文档特别提到 "do not change ‘R_HOME/etc/Renviron’ itself"。但至少它有效。