使用具有 3 列数据的 R 创建热图答案

【问题标题】：create a heatmap using R with 3 columns data使用具有 3 列数据的 R 创建热图
【发布时间】：2021-02-04 06:12:25
【问题描述】：

我正在尝试使用 R 和如下所示的 csv 文件创建热图：

我可以加载文件，转换为矩阵，但是当我调用 heatmap 时会出错：热图错误（as.matrix（vals））：“x”必须是数字矩阵。如果我删除列 ColName 它可以工作，但我不知道值在哪里。

谁能给我一个关于如何制作热图的想法，我可以在每行的前面或结尾同时拥有值和 Colname 吗？这是我正在使用的行： vals <- read.csv(file = 'file.csv') heatmap(as.matrix(vals)) error in heatmap(as.matrix(vals)) : 'x' must be a numeric matrix

非常感谢

劳尔

【问题讨论】：

您应该提供一个最小可重现示例。 stackoverflow.com/help/minimal-reproducible-example>.

标签： r heatmap

【解决方案1】：

矩阵是定义了维度（行和列）的单一类型（例如数字）的数据对象。这与 data.frame 不同，后者是一个数据对象，其中每一列都可以是不同的类型。

con <- textConnection("
ColName,Val1,Val2
abc,0.22,0.86
def,2.41,1.09
ghi,3.13,1.50")
# data imported as a data.frame
vals <- read.csv(con)
# column_to_rownames from package tibble 
# adds rownames to a data.frame using a column
vals_matrix <- as.matrix(tibble::column_to_rownames(vals, var = "ColName"))
vals_matrix
#     Val1 Val2
# abc 0.22 0.86
# def 2.41 1.09
# ghi 3.13 1.50
heatmap(x = vals_matrix, margins = c(10, 10))

【讨论】：

【解决方案2】：

要成功创建热图，矩阵需要完全为数字。从技术上讲，您有一个数据框（即异构数据结构；具有数字和分类元素的结构）。下面的代码使用所有基本的 R 命令和语法。我还附上了视觉输出。

dat <- data.frame(
  ColName = c("abc", "def", "ghi"),
  Val1 = c(0.22, 2.41, 3.13),
  Val2 = c(0.86, 1.09, 1.50)
)

heatmap(as.matrix(dat[, 2:3]), labRow = dat[, 1], Rowv = NA, Colv = NA)

【讨论】：

【解决方案3】：

您的 csv 应该只包含数字变量。热图函数需要一个矩阵而不是数据框。如果它是一个数据框，则使用 as_matrix(vals) 将其转换为矩阵：示例：

vals <- matrix(c(0.22, 2.41, 3.13, 0.86, 1.09, 1.50), nrow = 2, ncol = 3)
rownames(vals) <- c("val1", "val2")
colnames(vals) <- c("abc", "def", "ghi")
heatmap(vals)

【讨论】：