如何在 R Notebook 中并排获取控制台输出和绘图？

Question

在 R Notebook 中，有一个函数可以在控制台中制作许多绘图并打印汇总统计信息。 我想在 HTML 输出中并排显示绘图和控制台输出（即摘要统计信息）。

这是一个非常简单的例子：

---
title: "Example"
output: html_notebook
---


```{r}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```

以上代码的输出如下：

如您所见，绘图是一个接一个，控制台输出位于中间的某个位置。

预期的输出如下：

我浏览了这些 SO 主题但没有成功：

• Align two data.frames next to each other with knitr?
• 2 Column Report in R Markdown - Render HTML aside Data Frame

请注意，我真的想获得 console 输出，如果可能的话，我想避免使用许多转换来获得 grob 或图片，因为有时，我的实际输出的相关方法不存在。 可以不使用 R Notebook 而是使用 RMarkdown。

Answer 1

这并不完美。例如，我没有为屏幕尺寸添加处理程序。不过，我可以。不过，您必须让我知道您在寻找什么。

这在 R Markdown 中使用了 Javascript。用于此的引擎是内置的。但是，我添加了代码供您检查（如果您选择的话）：names(knitr::knit_engines$get())。

另外，在setup 块中，我添加了options(width = 75)。这将影响所有块输出。您可以更改它以使其成为特定于块的选项。但是，默认值为 80，因此您可能不会注意到差异。我这样做是因为对于三个组中的两个，Species 包裹到下一行。但是，对于versicolor，情况有所不同。这是统一执行的一部分。

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)

# confirm engine for 'js' (it was #37 for me)
names(knitr::knit_engines$get())

# set the output width for chunks' render
# this is to keep the summaries even (versicolor was doing its own thing)
options(width = 75)
library(tidyverse)
```

样式不是在一个块中。这在设置和下一个块之间进行。

<style>
.setupCols {
  display:flex;
  flex-direction:row;
  width: 100%;
}
.setupCols p{
  display:flex;
  flex-direction: column;
  width: 45%;
}

.setupCols pre {
  display:flex;
  flex-direction: column;
  width: 55%
}
.setupCols pre code {
  font-size: 85%;
}
</style>

接下来是mapply 调用之前的一些代码和之后的代码。

<div class="setupCols">

```{r graphOne}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```

</div>

在此块之后的任何时间点，您将添加一个样式块。如果您希望它多次应用，请将此块移动到末尾。如果你只希望它应用于块（我命名）graphOne，那么让它成为下一个块。

```{r styler,results='asis',engine='js'}

// search for class and tags
elem = document.querySelector('div.setupCols > pre > code');
// remove hashtags
elem.innerHTML = elem.innerHTML.replace(/#{2}/g, '');
// add newlines between summaries
elem.innerHTML = elem.innerHTML.replace(/\s{9}\n/g, '<br /><br />')

```

如果你内联运行这个块，你将不会得到任何输出。但是，当您knit 时，您会看到此输出。

我还在这里添加了一些文字，但看起来是这样的：

如果您想查看 Javascript 正在做什么，可以添加 eval = F 和 knit。这就是它的样子：

如果我遗漏了什么或有任何问题，请告诉我。

Answer 2

高效，但不准确

对于示例设置，我建议拆分操作，以便使用 pandoc 语法为多个列轻松地并排放置它们。这样，我们就可以调用我们想要的细节了。

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document:
---

```{r, echo = F}
il <- split(iris, iris$Species)
```

:::: {.columns}

::: {.column width="60%"}
```{r, echo = F, results = F}
lapply(il, plot)
```
:::

::: {.column width="40%"}
```{r, echo = F}
lapply(il, summary)
```
:::

::::

这会给出如下输出：

效率低，但准确

但是，我知道您可能需要完全符合所述结果的要求。我不知道如何在一次调用中拆分控制台输出和绘图。我们可以做的是操纵 RMarkdown 输出，使其显示它们来自单个调用。请注意这是低效的，我建议将生成绘图和汇总输出的函数分解为单独的函数，以便像第一个示例一样使用。

---
title: "R Notebook"
output:
  html_document:
---

```{r, results = F, fig.show = "hide"}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```

:::: {.columns}

::: {.column width="60%"}
```{r, echo = F, results = F}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```
:::

::: {.column width="40%"}
```{r, echo = F, fig.show = "hide"}
mapply(FUN = function(.x) {
  plot(.x)
  summary(.x)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = FALSE)
```
:::

::::

结果看起来非常接近您想要的输出：

我们通过运行相同的函数（想象它是你提到的那个）来做到这一点，在第一种情况下隐藏绘图和文本输出，但保留代码，然后只将绘图保留在左列中，并且只有右栏中的文本输出。

希望这有帮助。

Answer 3

@Kat's answer 似乎非常高效，如果您有足够的 HTML 和 Javascript 知识，感觉应该是要走的路。然而这不是我的情况，所以现在我坚持使用内置的knitr 功能。

我想将它作为对@caldwellst's answer 的编辑提出，但它告诉我“编辑队列已满”。所以这是他提出的一个想法和R markdown cookbook - section 16.4。

原理是在mapply(FUN = ) 中调用另一个Rmarkdown 脚本，该脚本来自另一个.Rmd 文件或带有制作此类文件所需元素的向量。 通过这样做，R 笔记本丢失，“经典”.Rmd 被创建，并且无法看到它下面的块的输出。事实上，如果您尝试运行该块，它会发送以下错误：Error in setwd(opts_knit$get("output.dir")) : character argument expected。但是，如果您单击knit，它会生成一个 HTML 文件。

这是 .Rmd 文件：

---
title: "Example"
output:
  html_document
---

```{r, echo=FALSE, results='asis'}
out <- mapply(function(x) {
  knitr::knit_child(text = c(
    '',
    ':::: {.columns}',
    '',
    '::: {.column width="40%"}',
    '```{r}',
    'plot(x)',
    '```',
    ':::',
    '',
    '::: {.column width="60%"}',
    '```{r}',
    'summary(x)',
    '```',
    ':::',
    '',
    '::::'
  ), envir = environment(), quiet = TRUE)
}, split(iris, iris$Species), SIMPLIFY = TRUE)

cat(unlist(out), sep = '\n')
```

然后输出：

但是，这对我来说似乎非常“hacky”，并且为 text 参数编写 c() 向量很容易出错。