【问题标题】:Trouble installing scikit-bio on Windows在 Windows 上安装 scikit-bio 时遇到问题
【发布时间】:2015-01-17 16:49:49
【问题描述】:

当尝试在 Windows XP 上使用 Python 2.78 和 Visual C++ 2008 Express Edition 通过 pip 安装 scikit-bio 工具包时,该过程被 VC 发出的以下消息中断:

cl : Command line error D8021 : invalid numeric argument '/Wno-error=declaration
-after-statement' 

关于这个错误,微软开发者网络网站只是说:

invalid numeric argument 'number'

A number greater than 65,534 was specified as a numeric argument.

我(还)没有尝试在 Linux(Ubuntu 12.04 Precise)下安装 scikit-bio,但我的印象是它可以正常工作(就像 Linux 一样)。

有没有人在 Windows(XP、7、8)下成功安装过 scikit-bio?有什么提示吗?

提前致谢!

【问题讨论】:

    标签: python c++ windows scikits skbio


    【解决方案1】:

    我在 Windows 10 机器上安装了 Anaconda 的 Python (3.5)。如您所知,该平台没有官方版本的 scikit-bio,但您可以使用以下解决方法安装它:

    1. Scikit-bio Github repository下载最新的源代码。
    2. 使用 7-zip 之类的工具,将其解压缩到您的主目录中。
    3. 打开命令行客户端并切换到源目录

      cd %HOMEPATH%\scikit-bio-master
      
    4. 使用Notepad++编辑文件setup.py

      "C:\Program Files (x86)\Notepad++\notepad++" setup.py
      
    5. 查找定义 ssw_extra_compile_args 变量的行并更改它。您可以注释之前的版本并在新行中重新定义变量:

      #ssw_extra_compile_args = ['-Wno-error=declaration-after-statement']
      ssw_extra_compile_args = []
      
    6. 保存更改,关闭编辑器并使用以下命令运行安装:

      python setup.py install
      
    7. 希望您不会收到任何错误消息。打开 Anaconda 的 Python 会话(使用命令 python)并使用 print(skbio.art) 测试是否正确安装了 Scikit-Bio。

    顺便说一句,我之前安装了启用 C++ SDK 功能的 Visual Studio 2015 社区版,以满足包 (Scikit-Bio) 安装的编译器要求。

    【讨论】:

    • 很高兴你有一个变通办法!仅供参考,scikit-bio 将在 0.5.0 中正式支持 Windows,计划于 2016 年 7 月(与 SciPy 2016 同步)。
    • 只是说,你启发了我一个类似的解决方案:我没有在 python 3.6/anaconda 4.4 上安装 skbio 和 windows 64;没有 conda 包并且 pip 安装失败。所以从源代码中,我修改了 setup.py 以便如果 sys.platform == 'win32' : ssw_extra_compile_args = [] 读取 'win64' (我实际上添加了一个“或 sys.platform == 'win64'”,但这没有重要性)。它就像一个魅力。谢谢/
    【解决方案2】:

    目前,scikit-bio 还没有正式支持 windows。我们肯定有兴趣了解人们在 Windows 上安装、测试和使用 scikit-bio 的努力,但我们没有在这方面具有专业知识的开发人员。

    这与biocore/skbio#941 有关。

    【讨论】:

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