bioconda 的 perl-net-ftp 和 perl-lwp-protocol-https 有什么作用？

Question

我得到了一些以前实习生的代码，我应该找出它的作用。

这是一个蛇形管道，有一个 my_pipeline.yaml 文件，该文件应该包含所有“管道所需的通用包” 该文件如下所示：

name: my_pipeline

channels:
    - conda-forge
    - bioconda

dependencies:
    - snakemake
    - perl-net-ftp
    - perl-lwp-protocol-https

我用谷歌搜索了perl-net-ftp 和perl-lwp-protocol-https，但我找不到关于它们的文档。

作为一个新手，我能从我有限的理解中收集到所有信息：ftp 代表"file transfer protocol"，我肯定听说过，perl 是一种语言（我不知道）。 HTTPS 是另一个协议，当然……

关于perl-net-ftp，我什至找到了bioconda link，但不幸的是描述是空的。

perl-lwp-protocol-https 也是如此 - conda 上的描述为空白。

我看到管道在snakefile 中使用wget。假设运行wget 需要这两个包是否安全？

如果您的查询得到更好的结果，我很乐意为初学者提供解释，当然还有文档。

https://anaconda.org/bioconda/perl-net-ftp

Answer 1

对于 Bioconda 软件包，通常最好查看 the Bioconda Package Index 而不是 Anaconda Cloud（尽管这里的元数据可以改进）。访问 perl-lwp-protocol-https 和 perl-net-ftp 软件包的 Bioconda 页面将指向它们各自上游描述页面的链接。

Bioconda Page	Meta::CPAN Page
perl-lwp-protocol-https	LWP::Protocol::https
perl-net-ftp	Net::FTP

广义地说，这些是实现与远程服务器通信的功能的 Perl 模块，这通常意味着在 Perl 脚本的上下文中下载或上传文件。

wget 不依赖于 Perl 或那些模块。所以，目前还不清楚这些的具体目的。也许不排除实际上不需要它们的可能性 - 有时人们开始以一种方式编写东西然后忘记删除他们不再需要的组件。