【问题标题】:IPython.display: how to change width, height and resolution of a displayed imageIPython.display:如何更改显示图像的宽度、高度和分辨率
【发布时间】:2020-12-14 22:17:55
【问题描述】:

我正在 Jupyter 中使用 IPython.display 显示分子图像。

图像的分辨率很低。有没有办法指定显示图像的宽度和高度及其分辨率? 我用谷歌搜索,找不到任何东西。我只需要这样的东西:

display(moleSmilemol, format='svg', width=1000, height=1000)

任何指针将不胜感激。

更新:我可以添加自定义 css,这会炸毁生成的图片,但它仍然是低质量的。我也有兴趣提高图片的质量及其大小。所以需要比 CSS 更深入的东西。

【问题讨论】:

标签: python jupyter-notebook displayobject rdkit


【解决方案1】:

尝试更改rdkit.Chem.Draw.IPythonConsole 模块中的变量:

from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

IPythonConsole.molSize = (800, 800)   # Change image size
IPythonConsole.ipython_useSVG = True  # Change output to SVG
mol = Chem.MolFromSmiles('N#Cc1cccc(-c2nc(-c3cccnc3)no2)c1')
display(mol)

否则,您需要使用rdMolDraw2D模块自行创建图纸,并使用您需要的参数。

【讨论】:

  • 感谢您的回答,对我帮助很大!是否有一个参考页面,我可以在其中查看我可以使用 IPythonConsole.[attribute] 配置的其他内容?
  • 最好的查看位置可能是source code(第 36-45 行),我认为它没有记录在任何地方。请注意,drawOptions 变量是通过rdMolDraw2D.DrawOptions() see here 指定更复杂的绘图选项的好方法。例如,将原子索引添加到您可以执行的图像中:IPythonConsole.drawOptions.addAtomIndices = True.
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