R 尝试从 Artifactory 安装旧的不可用包

Question

解决方案

删除 Artifactory 缓存中的.RDS。

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问题

在 Ubuntu 上使用 R 3.6.2 和 CRAN 的企业镜像时，我遇到了一个非常奇怪的问题。假设我运行以下命令：

install.packages('rlang')

我得到的是找不到版本0.4.2。当我手动查看存储库时，我发现0.4.2 确实不存在，但0.4.3 存在。首先，我认为存储库存储索引的PACKAGES 文件有问题。但我查看了它，它指向正确且可用的 rlang 版本。

在执行install.packages() 时，R 从哪里获取它放入查询 URL 的版本号？

更新

我试过install.packages("http://private.com/src/contrib/rlang_0.4.3.tar.gz", repos=NULL) 并且它有效。接下来我将尝试在新的 Ubuntu 环境中复制该问题。也许我在安装 R 并将其升级到 3.6.2 时搞砸了

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当我降级到 R 版本 3.4.4 时，问题仍然存在。也许它与公司镜像有关？我会试试官方的。

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感谢 Dirks answer 我通过 available.packages() 发现镜像有问题，而不是 R 安装。

> AP <- available.packages()
> res <- AP[ AP[,1] == "rlang", ]
> str(res)
 Named chr [1:17] "rlang" "0.4.2" NA "R (>= 3.2.0)" NA NA ...
 - attr(*, "names")= chr [1:17] "Package" "Version" "Priority" "Depends" ...

由于镜像中PACKAGES 的可读版本包含0.4.3，我假设PACKAGES.rds 有问题。接下来，我将尝试读取该对象以确认我的假设。

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Dirk 建议我检查索引的时间戳，我想我找到了问题所在。 0.4.3 不久前发布。虽然可读索引是在其他几个之前更新的，但 .rds 文件（可能由 R 使用）自 2020-01-16 以来没有更新。因此，R 尝试下载不再属于存储库的版本。

现在我想知道谁负责更新RDS 文件？存储库本身？我会在下次报告...也许在随机批处理作业更新存储库后问题会自行解决。

rlang 包：

时间戳：

PACKAGES 内容：

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我手动下载了PACKAGES.rds，并在上面使用了readRDS()。它指向旧版本。我还检查了镜像的仓库。它的PACKAGES.rds 指向正确的版本。此外，我确保问题仍然存在，与我使用的发行版和图像无关。

Answer 1

你可以问 R 这个问题！ available.packages() 函数告诉您它所知道的“一切”，其中一个条目是“存储库”。

所以：

R> AP <- available.packages()       ## all known packages given options("repos")
R> res <- AP[ AP[,1] == "rlang", ]  ## find rlang
R>
R> str(res)
 Named chr [1:17] "rlang" "0.4.3" NA "R (>= 3.2.0)" NA NA ...
 - attr(*, "names")= chr [1:17] "Package" "Version" "Priority" "Depends" ...
R> 
R> names(res)
 [1] "Package"               "Version"              
 [3] "Priority"              "Depends"              
 [5] "Imports"               "LinkingTo"            
 [7] "Suggests"              "Enhances"             
 [9] "License"               "License_is_FOSS"      
[11] "License_restricts_use" "OS_type"              
[13] "Archs"                 "MD5sum"               
[15] "NeedsCompilation"      "File"                 
[17] "Repository"           
R> 
R> res["Repository"]
                               Repository 
"https://cloud.r-project.org/src/contrib" 
R> 

这并不奇怪，因为这是我使用的默认配置（并在 Debian / Ubuntu 包中编码）的默认存储库。

Answer 2

如果你这样做了

?install.packages()

它会给你一些关于检索函数的信息，你可以输入一个“repo”参数。大多数时候，如果我有包安装问题并且不太担心运行的确切版本：

install.packages("rlang", dependencies = TRUE)

通常对我很好