【问题标题】:Submitting an R job on a linux cluster在 linux 集群上提交 R 作业
【发布时间】:2018-01-22 20:49:35
【问题描述】:

在使用 Rscript myscript.R 命令将我的 R 作业提交到集群时,我不断收到一条错误消息,指出我要求加载的包不存在。但是,我已将这些软件包安装到我的个人资料中的库中。我是否必须将工作目录设置为与包含 R 包的路径相同的路径?我真的很困惑如何解决这个错误。

谢谢 尼哈伊尔

【问题讨论】:

    标签: packages


    【解决方案1】:

    尝试在脚本中直接添加install.packages 命令。像这样,您确定它会正确安装:

    例如,在脚本的开头添加它(当然,为你的真实包更改“pacman;”并为每个包添加一行):

    if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
    

    在 shell 没有为我调用好的 R 之前,我遇到过这种问题(其他版本不是我认为的版本或 32 位与 64 位)。不过不知道是不是你的问题...

    【讨论】:

    • 非常感谢巴斯蒂安。我已经解决了包裹问题。 CRAN 以及加载到集群的特定程序包存在问题。但是,我使用不同的包进行了分析,结果很好。
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