R aes 函数在 R 中运行，但不在 r markdown 中答案

【问题标题】：R aes function runs in R but not in r markdownR aes 函数在 R 中运行，但不在 r markdown 中
【发布时间】：2018-02-21 08:04:45
【问题描述】：

我在使用 Markdown 时遇到了一个奇怪的问题。

我在下面附上 Markdown 中包含的 R 代码，用于生成相关热图。

library(reshape2)
library(knitr)
library(ggplot2)
data("cars")

    # Get lower triangle of the correlation matrix
get_lower_tri<-function(cormat){
  cormat[upper.tri(cormat)] <- NA
  return(cormat)
}
# Get upper triangle of the correlation matrix
get_upper_tri <- function(cormat){
  cormat[lower.tri(cormat)]<- NA
  return(cormat)
}

reorder_cormat <- function(cormat){
  # Use correlation between variables as distance
  dd <- as.dist((1-cormat)/2)
  hc <- hclust(dd)
  cormat <-cormat[hc$order, hc$order]
}

cormat <- round(cor(cars),2)

upper_tri <- get_upper_tri(cormat)

# Reorder the correlation matrix
cormat <- reorder_cormat(cormat)

upper_tri <- get_upper_tri(cormat)

# Melt the correlation matrix
melted_cormat <- melt(upper_tri, na.rm = TRUE)

# Create a ggheatmap
ggheatmap <- ggplot(melted_cormat, aes(Var2, Var1, fill = value))+
  geom_tile(color = "white")+
  scale_fill_gradient2(low = "blue", high = "red", mid = "white", 
                       midpoint = 0, limit = c(-1,1), space = "Lab", 
                       name="Pearson\nCorrelation") +
  theme_minimal()+ # minimal theme
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, 
                                   size = 12, hjust = 1))+
  coord_fixed()

ggheatmap + 
  geom_text(aes(Var2, Var1, label = value), color = "black", size = 4) +
  theme(
    axis.title.x = element_blank(),
    axis.title.y = element_blank(),
    panel.grid.major = element_blank(),
    panel.border = element_blank(),
    panel.background = element_blank(),
    axis.ticks = element_blank(),
    legend.justification = c(1, 0),
    legend.position = c(0.6, 0.7),
    legend.direction = "horizontal")+
  guides(fill = guide_colorbar(barwidth = 7, barheight = 1,
                               title.position = "top", title.hjust = 0.5))

代码在 R 控制台中完美运行，但在使用 markdown 时会返回此错误。

Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'Var2' not found
Calls: <Anonymous> ... by_layer -> f -> <Anonymous> -> f -> lapply -> FUN -> FUN
Execution halted

问题似乎出在 aes 函数 (ggplot) 上。由于某些原因，它无法在 melt_cormap 对象中找到“Var2”

有什么建议吗？

非常感谢

【问题讨论】：

我在您的示例代码中没有看到Var2 的定义。你能说明它是在代码范围内的什么地方定义的吗？
你的 Markdown 代码中有库（reshape2）吗？
@GaryWeissman 我不明白你的评论。显然Var2应该是melted_cormat的一列。
如果你使用aes(x=Var2, y=Var1, fill = value)，它会改变吗？
@AlbertoStefanelli 请参阅这篇关于创建可重现示例的帖子，尤其是关于生成最小数据集的部分：stackoverflow.com/questions/5963269/…

标签： r ggplot2 r-markdown

【解决方案1】：

library 函数不会将多个库名称作为参数，但似乎不会引发错误。您可能已经在控制台中加载了所有库，但是当 knitr 运行时，它会在新环境中执行此操作，并且需要重新加载它们。

在代码顶部试试这个：

library(reshape2) library(knitr) library(ggplot2)

如果您想将它们全部加载到一行中，这里已经有一篇关于此的 SO 帖子：

Load multiple packages at once

【讨论】：

我正在使用 pacman 作为经理。那里报告的代码是错误的，但它只是为了重现性目的。无论如何，谢谢你，我会更正）

【解决方案2】：

我解决了这个问题，问题是 pacman。由于某种原因，没有正确加载包，我切换回基线命令，问题得到解决。谢谢大家

【讨论】：