spatstat 中线性网络上的复制点模式答案

【问题标题】：Replicated point patterns on linear networks in spatstatspatstat 中线性网络上的复制点模式
【发布时间】：2018-10-04 09:40:59
【问题描述】：

我有来自重复实验的点模式数据，其中每个重复实验中的点都被限制在同一个线性网络中（数据来自对蛇的自行车道的每日调查：每天都会给出动物所在位置的单独点模式已找到）。

我知道在spatstat 中，可以同时将点过程拟合到多个点模式（使用mppm），并在线性网络上拟合点过程模型（使用lppm）；是否可以同时进行？据我所知，mppm 不会接受 lpp 对象：还有其他方法可以拟合这种类型的模型吗？

【问题讨论】：

你在考虑什么样的模型？是否只是每个复制的独立泊松模型？是否存在随时间变化的协变量或协变量是静态的？也许在具有静态协变量的简单泊松案例中，模型简化为可以处理的东西。据我所知，目前spatstat 中的线性网络上没有mppm 模拟（Adrian Baddeley 有时会在我没有注意到的情况下实现一些事情，但这是一件大事，我怀疑我会错过它）。
@EgeRubak 我想拟合的模型是一个对数线性泊松过程，它具有空间变化的协变量（温度），它确实在重复之间发生变化（即协变量由不同的 @ 给出每个复制的 987654328@ 对象）。理想情况下，如果可能的话，我还想包含复制 id 的随机效应。

标签： r spatstat

【解决方案1】：

spatstat 尚不完全支持此功能。

但是，您可以通过使用linequad 将lpp 对象转换为正交方案，然后在超帧中使用这些正交方案而不是ppp 对象来完成您想要的大部分操作。示例：

X1 <- spiders
X2 <- runiflpp(25, domain(spiders))
A <- linequad(X1)
B <- linequad(X2)
f <- function(x,y)x
H <- hyperframe(X=solist(A,B), Z=list(f,f))
fit <- mppm(X ~ Z, data=H)

mppm 的大多数方法都可以正常工作；除了你不能模拟或预测拟合模型，因为它不知道它应该在网络上。

如果您有一长串ppp 对象，那么您可以使用solapply( , linequad)，而不是将点模式逐个转换为正交方案。

【讨论】：

请联系我（使用 spatstat 包中的电子邮件）以获取用于此目的的其他代码。