具有多个类别的点图 - R答案

【问题标题】：Dot Plots with multiple categories - R具有多个类别的点图 - R
【发布时间】：2015-09-04 03:53:56
【问题描述】：

在可视化数据方面，我绝对是 R 的新手，所以请耐心等待。

我希望创建七个分类样本的并排点图，其中许多基因表达值与单个基因名称相对应。 mydata.csv 文件如下所示

B27      B28      B30      B31 LTNP5.IFN.1 LTNP5.IFN.2 LTNP5.IL2.1
1 13800.91 13800.91 13800.91 13800.91    13800.91    13800.91    13800.91
2  6552.52  5488.25  3611.63  6552.52     6552.52     6552.52     6552.52
3  3381.70  1533.46  1917.30  2005.85     3611.63     4267.62     5488.25
4  2985.37  1188.62  1051.96  1362.32     2717.68     2985.37     5016.01
5  1917.30  2862.19  2625.29  2493.26     2428.45     2717.68     4583.02
6   990.69   777.97  1269.05  1017.26     5488.25     5488.25     4267.62

我希望将每个样本数据组织在一个图表中的自己的点图中。此外，如果我能指出个人感兴趣的数据点，那就太好了。

谢谢！

【问题讨论】：

我会使用ggplot2，尤其是构面来制作这类情节。

标签： r plot ggplot2 dot

【解决方案1】：

可以使用base R，但需要先转换为matrix。

dotchart(as.matrix(df))

或者，我们可以转置矩阵以按样本排列：

dotchart(t(as.matrix(df)))

【讨论】：

【解决方案2】：

考虑到您的 [玩具] 数据存储在一个名为 a 的数据框中：

library(reshape2)
library(ggplot2)
a$trial<-1:dim(a)[1]  # also, nrow(a)
b<-melt(data = a,varnames  = colnames(a)[1:7],id.vars = "trial")
b$variable<-as.factor(b$variable)
ggplot(b,aes(trial,value))+geom_point()+facet_wrap(~variable)

生产

我们做了什么：加载所需的库（reshape2 从宽转换为长，ggplot2 转换为，嗯，绘图）； melt将数据转换成长格式（更难阅读，更容易处理），然后用ggplot绘制。

我引入了trial 来指向每个“运行”每个变量都被测量，所以我在variable 的每个级别上绘制了trial 与value。 facet_wrap 部分将每个图放入由variable 确定的子图区域。

【讨论】：

如果你想让它被trial 分面（我称之为试用，@Neal 称之为sample），那么最后一行代码将是ggplot(b,aes(variable,value))+geom_point()+facet_wrap(~trial)
如果代码丢失了一块。查看编辑并尝试一下。让我知道它是否有效
似乎因为我的数据集太大（>15000 行）a$trial<-1:length(a) 导致Error in $(*tmp*, "trial", value = 1:8) : replacement has 8 rows, data has 15037。有什么想法吗？顺便感谢您的帮助！
@Matt，现在试试。我的a$trial assingment 有一个错误
如果您有超过 15k 行（样本或试验），我不认为分面进行试验是个好主意 (facet_wrap(~trial))，因为会有太多方面，它们会变得无用。