python cgi交互找不到graphviz程序twopi

Question

我有一个令人抓狂的错误，我的 python 脚本在独立运行时成功执行某些操作，但在作为 jquery 的 $.ajax() 调用的 cgi 脚本运行时失败。欢迎任何见解。

我正在使用本地 apache2 服务器在我的新 MacbookPro (macOS 11.6) 上本地开发此 Web 应用程序，我已将其配置为将相关目录中的 .py 文件作为 cgi 程序运行。

相关的工作部分是：

• 本地在我的新 MacbookPro (macOS 11.6) 上
• graphviz 二进制文件已安装：/opt/homebrew/bin/twopi:
  twopi - graphviz 版本 2.49.2 (20211016.1639)
• pygraphviz 1.7
• Python 3.9.7：/opt/homebrew/opt/python@3.9/bin/python3.9
• rdflib 版本：'6.03a'

这个应用程序的目的，由一个python cgi脚本驱动，使用python的requests模块从本地文件系统中检索一些数据，以及从网络上的AllegroGraph实例中检索一些RDF数据，然后布局和显示使用 graphviz 和 python 的 pygraphviz 模块在网页中进行图形可视化。

javascript 发出这样的 GET 请求：

function graphMe(charter){
    $.ajax({
        type: "get",
        url: "cartametallon.py",
        data: {"graphMe": charter},
        dataType: 'json',
        success: deploySVG,
        error: function(jqXHR, textStatus, errorThrown) {
            console.log(jqXHR.response, textStatus, errorThrown);
        }
    });
}

python cgi 脚本使用 cgi 模块处理此请求，如下所示：

import cgi, cgitb
cgitb.enable(format="text")
form = cgi.FieldStorage()

try:
    if 'graphMe' in form:
        charter = form.getvalue('graphMe')
        uri = "<http://chartex.org/graphid/" + charter + ">"
        
        print ("Content-Type: application/json\r\n\r\n")
        print (json.dumps(visualizeDocumentGraph(uri)))
        
except Exception:
    print ("Content-Type: text/plain\n")
    print("Exception in user code:")
    print("~"*20, __file__.split('/')[-1], "~"*20)
    traceback.print_exc(file=sys.stdout)
    print("~"*60)

visualizeDocumentGraph() 函数从多个来源组装图形数据和元数据，并将其存储在 dict 中，然后应将其作为 json 对象返回到引用页面。该对象中存储的内容之一是由graphviz 的twopi 算法布局的图形的SVG 字符串。我已经验证了这个 python 函数的每个元素都按预期工作，当在命令行运行时，它返回预期的对象；但是，对jQuery.ajax() 请求的响应如下所示：

Content-Type: text/plain

Exception in user code:
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ cartametallon.py ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1344, in _get_prog
    runprog = self._which(prog)
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1800, in _which
    raise ValueError(f"No prog {name} in path.")
ValueError: No prog twopi in path.

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "~/Sites/cartametallon/cartametallon.py", line 661, in <module>
    print (json.dumps(visualizeDocumentGraph(uri)))
  File "~/Sites/cartametallon/cartametallon.py", line 292, in visualizeDocumentGraph
    dgsvg = makedot(g).draw(format='svg', prog='twopi')
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1596, in draw
    data = self._run_prog(prog, args)
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1360, in _run_prog
    runprog = r'"%s"' % self._get_prog(prog)
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1346, in _get_prog
    raise ValueError(f"Program {prog} not found in path.")
ValueError: Program twopi not found in path.

这就是难题：在cgi交互中“出现”twopi程序无法找到，但可以自行运行，我的python脚本没有问题。 twopi 二进制文件安装在/opt/homebrew/bin/twopi，可通过环境变量PATH 轻松访问：

% echo $PATH
~/opt/anaconda3/condabin:/opt/homebrew/bin:/opt/homebrew/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin

很明显，我的 python 脚本也知道它。它不仅在脚本自行运行时成功执行，而且明确知道在哪里可以找到它：

>>> os.get_exec_path()
['~/opt/anaconda3/condabin', '/opt/homebrew/bin', '/opt/homebrew/sbin', '/usr/local/bin', '/usr/bin', '/bin', '/usr/sbin', '/sbin']

我无法让我的 python 脚本返回网页所需的 json，ARGH！更令人抓狂的是，我要做的是重构和更新在https://neolography.com/chartex/ 上运行良好的现有应用程序。这个工作程序最近被转移到一个新的网络主机上，需要一点点修补才能让它再次工作，而且图形输出不如我的旧主机上的好，因为 A2 主机坚持安装一个古老版本的 graphviz（不要'任务）。所以，这个工作程序的相关工作部分是：

• twopi - graphviz 版本 2.30.1 (20201013.1554)
• pygraphviz 1.5
• Python 2.7.18（默认，2021 年 7 月 8 日，01:00:23）
  [GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] 在 linux2
  （这个 python 必须在虚拟环境中运行，这样我才能安装它：）
• RDFLib 版本：5.0.0

Answer 1

我花了几天时间，但感谢 Thomas 的评论、here 的一些观察以及python os module 本身的文档，当我在以下位置运行脚本时，我终于明白了“PATH”环境变量命令行，与执行 cgi 程序的上下文中的相同变量完全不同。

 % echo $PATH
~/opt/anaconda3/condabin:/opt/homebrew/bin:/opt/homebrew/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin

和

>>> os.environ["PATH"]
'~/opt/anaconda3/condabin:/opt/homebrew/bin:/opt/homebrew/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin'

与os.environ["PATH"]在运行cgi脚本时被apache引用时不同。

更糟糕的是，我将 $PATH 变量与 python 的 sys.path 混为一谈，这具有完全不同的目的。我的 cgi 程序使用 pygraphviz 尝试执行 twopi，这是一个位于 /opt/homebrew/bin 的二进制文件，在执行 cgi 程序的上下文中，它可用的 PATH 变量如下所示：

"/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:"

在 cgi 程序中为该变量添加必要的路径很容易，如下所示：

os.environ["PATH"] = f"{os.environ['PATH']}:/opt/homebrew/bin"

这解决了我的问题。但是，我还是很不安。这似乎是一种 hacky 方法。我仍然不完全理解为什么 apache 的 PATH 与 python 解释器或在命令行运行的脚本中可用的 $PATH 不同。我收集到 cgi 程序可用的 PATH 是不同的，因为 apache 以不同的用户 (_www) 执行它。

很高兴知道是否有更规范的方法来解决这个问题。我们将不胜感激地收到有关文档的任何建议，以澄清我对这个问题的理解。