R中的读写管道（）通信答案

【问题标题】：Read-write pipe() communication in RR中的读写管道（）通信
【发布时间】：2011-07-18 08:05:36
【问题描述】：

大多数语言都支持双向进程通信。例如，在 Python 中，我可以（草率地）这样做：

>>> from subprocess import *
>>> p = Popen('nslookup', stdin=PIPE, stdout=PIPE)
>>> p_stdin, p_stdout = p.communicate("www.google.com")
>>> print p_stdin
Server:     ...

在 R 中，无论我是用“r+”还是“w+”打开管道，我似乎只能走一条路。此外，即使我通过R -f ... 或R < ... 运行脚本，实际控制台标准输入/标准输出中也会出现奇怪的行为。

我的问题归结为以下问题 - 是否有可能（不编写 C 方法！）在 R 中重现上述 Python 示例中的双向进程通信？

【问题讨论】：

标签： r ipc pipe

【解决方案1】：

在类 UNIX 系统上执行此操作的一种方法是打开一个管道到将 stdout 和 stderr 重定向到 fifo 的进程：

# Setup
system('mkfifo output.fifo')
p_out <- fifo('output.fifo', 'r')
p_in <- pipe('pdflatex &> output.fifo', 'w')

# See what TeX said on startup
readLines(p_out)
[1] "This is pdfTeX, Version 3.1415926-1.40.11 (TeX Live 2010)"

readLines(p_out)
character(0) # TeX has nothing more to say

# Tell TeX to do something
writeLines('\\documentclass{article}', p_in)
flush(p_in)

# See what it said in response
readLines(p_out)
[1] "**entering extended mode"                                                       
[2] "LaTeX2e <2009/09/24>"                                                           
[3] "Babel <v3.8l> and hyphenation patterns for english, dumylang, nohyphenation, ba"
[4] "sque, danish, dutch, finnish, french, german, ngerman, swissgerman, hungarian, "
[5] "italian, bokmal, nynorsk, polish, portuguese, spanish, swedish, loaded."        
[6] ""

很遗憾，fifo 在 Windows 上不受支持。

【讨论】：

【解决方案2】：

很久以前，我还在Octave 中使用了双向管道，所以，是的，如果有这个就好了。但是细读help(pipe) 并不意味着这是支持。你会读或写，但似乎不是两者兼而有之。

但也许你可以作弊。打开管道以写入应用程序，您可以使用标准输出重定向到文件来调用该应用程序......然后继续读取该文件。但是，由于未刷新缓冲区，可能会一团糟。

【讨论】：

这是与 base 的平台兼容性问题吗？我应该在那里提交错误/问题吗？此外，文件选项在技术上是一种解决方案，但这实际上是用于管道大量 SQL 结果以避免出现错误的 ODBC 驱动程序，因此写入磁盘和读回会非常慢。
我在 Linux 上试过，如果 R 支持它就会有它。除非您可以编写错误报告，或者花钱请人来做，否则提交错误报告是没有意义的——R Core 忙得不可开交。最后，我个人倾向于通过编写直接 DB 访问片段来避免错误的 ODBC 驱动程序。去过那里，通过一些 GSoC 指导为 Bloomberg、Lim、OneTick 和 PostgreSQL 等后端完成。你的后端是什么？
@mjbommar，我也没有找到一种方法来做你描述的事情，我花了几个小时尝试。但是，如果您只是想在不使用 ODBC 驱动程序的情况下将结果从 SQL DB 获取到 R 中，您可能不需要双向交互。尝试使用 system() 连接到它并将您的查询作为输入提供。我这样做是为了访问我所有的数据库（这需要 RMySQL 无法做到的 SSH 隧道）。
另一边的数据库是 Vertica（遗憾的是 pgsql 客户端不起作用）。听起来我会继续使用我现在拥有的解决方案，即在前面调用带有 paste('echo', query, '|') 的 SQL 客户端，但 Dirk 的答案可能是大多数人的正确解决方案。我再给它几个小时然后接受它。

【解决方案3】：

可以像这样从 R 在 Jython 中运行该部分。加载java（发生在第二个语句中）会很慢，但之后应该没问题。

library(rJython)

.Jython <- rJython()

jython.assign(.Jython, "x", "www.google.com")
jython.exec(.Jython, "from subprocess import *
p = Popen('nslookup', stdin=PIPE, stdout=PIPE)
p_stdin, p_stdout = p.communicate(x)")

cat(jython.get(.Jython, "p_stdin"), "\n\n")

最后一条语句给出：

> cat(jython.get(.Jython, "p_stdin"), "\n\n")
Default Server:  UnKnown

Address:  192.168.0.1



> www.google.com

【讨论】：

我投了赞成票，因为它可能对某些人有用，但这个选项对我的应用程序调用了太多开销。
@mbommar，您指的具体开销是多少？如果它的速度，那么唯一慢的部分是 .Jython <- rJython() 语句（因为它加载了 JVM）并且只需要在会话开始时执行一次，因此它只会影响启动时间。如果需要考虑启动时间，那么我同意这将是一个问题。