如何将数据帧转换为二进制数（1 和 0）？答案

【问题标题】：How to convert a data frame into binary numbers (1's and 0's)?如何将数据帧转换为二进制数（1 和 0）？
【发布时间】：2021-05-26 17:38:43
【问题描述】：

所以我有一些基因表达计数数据，列包含我的所有样本，每行包含约 60000 个基因。我已将数据转换为 TPM，我想排除低于 TPM 阈值 5 的某些基因。为此，我需要使用 df[df > 5] <- 1 将 TPM 值 > 5 转换为 1，但还将 TPM 值

Gene       Sample A  Sample B          Gene       Sample A  Sample B
Gene 1      10.23     11.20            Gene 1        1        1
Gene 2       2.89      6.76            Gene 2        0        1
Gene 3       9.66      4.34            Gene 3        1        0
...                                    ...

【问题讨论】：

可以分享输入表的例子吗？但是根据您的描述，我认为一个简单的ifelse 可以工作吗？ df$column_name = ifelse(df$column_name > 5, 1, ifelse(df$column_name < 5, 0, df$column_name)

标签： r

【解决方案1】：

这行得通吗：

data.frame(cbind(df[1],apply(df[-1],2,function(x) +(x > 5))))
    gene SampleA SampleB
1 Gene 1       1       1
2 Gene 2       0       1
3 Gene 3       1       0

【讨论】：

【解决方案2】：

一个整洁的选项。

library(dplyr)

mutate(df, across(-Gene, ~ + (. > 5)))

# # A tibble: 3 x 3
#   Gene   `Sample A` `Sample B`
#   <chr>       <int>      <int>
# 1 Gene 1          1          1
# 2 Gene 2          0          1
# 3 Gene 3          1          0

数据

df <- structure(list(Gene = c("Gene 1", "Gene 2", "Gene 3"), `Sample A` = c(10.23, 
2.89, 9.66), `Sample B` = c(11.2, 6.76, 4.34)), row.names = c(NA, 
-3L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

【讨论】：