如何在 knitr 中安装软件包？

Question

到目前为止，我一直在使用这段代码来加载 R 包并编写 .R 文件。但我正在尝试使用 knitr

rm (list=ls(all=TRUE))
kpacks <- c('ggplot2','install_github','devtools','mapdata')
new.packs <- kpacks[!(kpacks %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packs)) install.packages(new.packs)
lapply(kpacks, require, character.only=T)
remove(kpacks, new.packs)
options(max.print=5.5E5)

但是现在，当我将这段代码放入 Knitr 文档时，我得到了这个错误：

Error in contrib.url(repos, "source") :
  trying to use CRAN without setting a mirror calls:......

我该如何解决这个问题？

Answer 1

您的问题的狭义答案是您应该设置repos 选项：

options(repos=c(CRAN="<something sensible near you>"))

您遇到了问题，因为当最初未设置存储库选项时，R 的默认行为是查询用户——而当您以非交互方式运行代码时，它不能这样做。

更广泛地说，我会质疑你是否想在你的 R 代码中包含这种东西；在某些情况下，它可能会出现问题。

• 如果用户没有网络连接怎么办？
• 如果它们在地理位置上离您很远，以至于您的默认存储库设置没有意义怎么办？
• 如果他们不想下载和安装（可能很大）包怎么办？

我的首选做法是在运行代码的说明中指定用户应该安装包 X、Y、Z（并为他们提供安装它们的示例代码，以防他们不熟悉 R）。

Answer 2

避免安装软件包的一种方法是执行类似的操作

if(!require(package.name))
  stop("you need to install package.name")

在您的代码块中。根据您的 knitr 文档设置，这将在文档中、控制台中生成消息，或阻止文档被编织。