将 R 编织为 PDF 时限制消息输出答案

【问题标题】：Limit message output when knitting R to PDF将 R 编织为 PDF 时限制消息输出
【发布时间】：2017-03-16 15:38:44
【问题描述】：

我有一个通过message() 报告进度的函数。在正常使用情况下，这是可取的，如果需要，可以通过suppressMessages() 抑制消息。

但是，我正在编写一个调用此函数的小插图（在 Rmarkdown 中），结果包括这些进度更新的完整页面。我想包括前几行消息，但不要浪费一整页。有没有办法配置这个？

我尝试过传递块选项R.options=list(max.print=10)、as suggested in another answer here，但这似乎不适用于消息。或者至少，不是在这种情况下，实际消息在每个函数中一次生成一个或两个，但该函数被称为循环的一部分。

我正在使用的一般结构是：

function1 <- function(file.list){
    res <- list()
    for(i in seq_along(file.list)){
        message("processing ", file.list[i])
        res[i] <- function2(file.list[i])
    }
}

function2 <- function(file){
    message("analyzing ", file)
    tryVal <- try(res <- analysisFunction(file), silent = TRUE)
    if(inherits(tryVal, "try-error")){
       message("*** problem with ", file, " ***")
    } else {
      ## additional processing
    }
    return(res)
}

markdown 块如下所示：

```{r batchFlowHist, R.options=list(max.print=10)}
batch1 <- function1(flowPloidyFiles)
```

我希望我的小插图显示来自已处理的前几个文件的消息，但不是整个循环。有没有办法做到这一点？

【问题讨论】：

标签： r markdown knitr

【解决方案1】：

事实证明这已经通过 message 参数在 knitr 中得到支持。链接的答案表明它不起作用，但是自从发布以来，它必须已添加。所以以下解决了我的问题：

```{r batchFlowHist, message = 1:10}
batch1 <- function1(flowPloidyFiles)
```

【讨论】：