如何让 Conda 和 Virtualenv 在 mac OS Catalina 上工作？

Question

我之前在 Mojave 上运行过 Conda，但我发现升级到 Catalina 会将“anaconda3”文件夹移动到您的桌面 > 重新定位的项目 > 安全 > anaconda3。似乎 Catalina 的安全设置可能不再允许应用程序直接安装在用户目录下。

我尝试了here的建议，写在下面：

你好，我可能有一个解决方案

• 将位于 Relocated Items 中的文件夹 anaconda3 复制到 /Users/myname/
• 打开终端
• 输入：export PATH=''/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH"
• 输入：conda init zsh

成功了！祝你好运！

但这对我不起作用。在conda init zsh 之后我得到：

-bash: /Users/USER/anaconda3/bin/conda: /anaconda3/bin/python: 错误的解释器：没有这样的文件或目录

我怎样才能让 Conda 再次启动并运行而不丢失我所有的虚拟环境？谢谢！

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更新

我按照@Ted Shaowang 的建议让 Conda 开始工作。这意味着conda env list 显示了通过 Conda 创建的所有虚拟环境。

但是我仍然遇到virtualenv 的问题，因为我更改了默认的 anaconda3 文件位置，找不到 python。

找不到位于.virtualenvs/env/bin/python 的python 可执行文件。我是否需要进行进一步的更改才能使 python 也可以从 virtualenv 工作？

Answer 1

这对我有用。

这些是我的头文件（Catalina 10.15）：

/Library/Developer/CommandLineTools/usr/include/c++/v1/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/include/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/include/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/System/Library/Frameworks/Kernel.framework/Versions/A/Headers/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk/usr/include/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk/usr/include/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.15.sdk/System/Library/Frameworks/Kernel.framework/Versions/A/Headers/sys/stdio.h

运行sudo find /Library -name stdio.h 以查看您的位置。

Mojave 10.14 头文件：

$ sudo find /Library -name stdio.h 
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/include/c++/v1/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/stdio.h
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/System/Library/Frameworks/Kernel.framework/Versions/A/Headers/sys/stdio.h

可以看出，与 Mojave 不同，SDK 现在分为 MACOSX10.14 和 10.15。

TLDR

所以，这些是我在 Catalina 上的 SDK 文件夹：

1. 将MacOSX.sdk 重命名为MacOSX_orig.sdk
2. 右击MacOSX10.14.sdk
3. 复制
4. 将重复的文件夹重命名为MacOSX.sdk

您的文件夹结构现在应该如下所示：

像这样，我们基本上使用以前版本的 OSX sdk 作为 sysroot。希望这会有所帮助。

Answer 2

我有完全相同的问题，这对我有用：

将 anaconda 从“重新定位的项目”移动到 ~/anaconda3 后，将 ~/anaconda3/bin/conda 文件的第一行从 #!/anaconda3/bin/python 编辑到 #!/Users/USERNAME/anaconda3/bin/python 以反映更改。

Answer 3

如果不修复文件中嵌入的硬编码前缀条目，任何解决方案都不会完全有效。 https://www.anaconda.com/how-to-restore-anaconda-after-macos-catalina-update/ 有更长的描述和推荐的修复方法

Answer 4

我遇到了同样的问题，以下解决方案对我有用，这是最简单的解决方案：

与其将 anaconda3 文件从重新定位的项目复制到 User/USERNAME 目录中，不如从其官方网站重新安装 anaconda navigator 的最新版本：https://www.anaconda.com/distribution/#macos

在安装时，它会询问您一些权限，这些权限是新的 Apple 安全策略的结果，只需授予它们，它就会按照全新安装后的方式工作！

Answer 5

我有同样的问题，这对我有用： 我的解决方案：

1. 从 Relocated Items 文件夹中复制 anaconda3
2. 粘贴用户/您的用户名
3. 用编辑器打开anaconda3/bin中的conda文件，将第一行#!/anaconda3/bin/python编辑成#!/Users/YourUserName/anaconda3/bin/python
4. 保存并运行 conda 文件
5. 打开终端
6. 运行这个：export PATH=''/Users/YourUserName/anaconda3/bin:$PATH"
7. 运行conda init zsh

Answer 6

从技术上讲，这是重新安装 anaconda，但是，我恢复了所有 conda 环境，希望这是一个可以接受的解决方案！

这是我几分钟前在 Catalina 上工作的方法（现在使用 z-shell）： - 验证我的桌面上是否存在“Relocated Items”目录以及“anaconda3”目录及其里面的内容 - 导航到“anaconda3”下的 envs 目录并保持 finder 窗口打开（见截图）

那么：

• 打开新终端（z-shell）

• 运行（安装到 /usr/local/anaconda3）：

  brew cask install anaconda

• 安装成功后，我打开了我的 ~/.zshrc 文件（对于我的 z-shell 别名）并添加了以下行：

  export PATH="/usr/local/anaconda3/bin:$PATH"

• 保存了我的 ~/.zshrc 文件，然后重新加载：

  来源 ~/.zshrc

• 为了验证 conda 命令现在是否有效，我运行了：

  conda 环境列表

• 对我来说，这显示了一个基本环境，就是这样

• 然后打开 Finder 到新的 envs 位置： 打开 /usr/local/anaconda3/envs/。

• 我将所有旧 envs 拖（移动）到新的 envs 文件夹中，然后运行：

  conda 环境列表

我所有的旧环境都回来了！ :)

• 更新了我的 PyCharm 解释器/环境路径以反映这些环境的新位置（之后必须重新启动 PyCharm，但现在它可以工作了！）
• 完成

Answer 7

不确定这是否被视为评论或至少是临时答案，但我暂时不会尝试修复与 Anaconda 的任何 Catalina 兼容性问题。请参阅此GitHub 问题。

Answer 8

我可能会放弃使用上述解决方案。 ~/anaconda3/bin 目录有许多需要以这种手动方式更改的可运行文件（不仅仅是 conda 一个）。例如，除非您进行相同的更改，否则您无法运行jupyter notebook，既不能从base 也不能从您可能拥有的其他环境运行。

我的提示：尝试获取虚拟环境的需求文件，然后进行全新安装。您可以使用pipreqs 获取用于单个项目的需求：https://www.idiotinside.com/2015/05/10/python-auto-generate-requirements-txt/