读取文件并识别括号之间的字符串

Question

我试图将在最后一组括号“genesym”之间出现的字符串命名。到目前为止，我正在用制表符替换每个括号的最后一次出现。在这些函数之间，我想命名现有的字符串基因符号。

我知道这是一个 Scanner 功能，但这是我知道的唯一方式。

import java.lang.*;
import java.io.*;

public class TESTING
{
    public static void main(String[] args)
    {
        try {
            BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader("human.rna.fna"));
            BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter("FormattedHumanRNA"));

            String line
            String genesym;

            while ((line = br.readLine()) != null) {
                if (line.startsWith(">")) {
                    // Replaces the last set of parenthesis with a tab character
                    int openbracket =  line.lastIndexOf("(");
                    line = new StringBuilder(line)
                        .replace(openbracket, openbracket + 1, "\t")
                        .toString();


                    **genesym = br.nextString();**


                    // Replaces the last close parenthesis with a tab character
                    int closebracket = line.lastIndexOf(")");
                    line = new StringBuilder(line)
                        .replace(closebracket, closebracket + 1, "\t")
                        .toString();
                } else {
                    line = line.replaceAll ("\n", "");
                }

                bw.write(genesym + " : " + line);
            }
            br.close();
            bw.close();
        } catch(IOException e) {
            e.printStackTrace(System.err);
        }
    }
}

示例：（我的数据比这大得多，大约 100 万行）

输入文件：

>365 (LOC1), long non-coding RNA AGCGTCT

>22 (1*split3**) (FLJ), long RNA AAAATC

>13 (RTV), RNA ATGCG

想要的输出：

LOC1 : >365      LOC1     , long non-coding RNA AGCGTCT

FLJ : >22 (1*split3**)      FLJ     , long RNA  AAAATC

RTV : >13     RTV     ,RNA ATGCG

Answer 1

String genesym=line.substring(openbracket,closebracket);

然后替换你要替换的。