SGE：多线程 Java 代码的并行环境答案

【问题标题】：SGE : Parallel Environment for a multithreaded java codeSGE：多线程 Java 代码的并行环境
【发布时间】：2012-06-22 11:12:39
【问题描述】：

我编写了一个多线程 java 代码，它在运行时创建 8 个线程，并且在这些线程上继续计算。我想将此作业提交到 SGE 集群，但我不确定我应该选择哪个并行环境 (pe)？还是我应该创建一个？我是 SGE 的新手。简单的方法是以串行模式运行它，但效率很低。

关于创建pe，需要在哪里创建？ SGE 守护进程是否也需要这个 pe ？当我提交了一个随机名称为pe 的工作时，我得到了

 job rejected: the requested parallel environment "openmpi" does not exist

【问题讨论】：

Grid Engine 安装提供的并行环境是（非常）特定于安装的。你应该问你的系统管理员这个问题。
@HighPerformanceMark 我会问管理员，但还是哪种 pe，最适合多线程 java 代码？虽然我可能无法将其作为特定安装来获取。
您需要一个具有allocation_rule 的$pe_slots 和job_is_first_task 的TRUE 的PE。不过，这不是编程问题。

标签： java multithreading parallel-processing sungridengine

【解决方案1】：

线程应用程序必须在单个节点上获取所有插槽。这就是为什么您需要将allocation_rule 设置为$pe_slots 的并行环境。 SGE 管理员使用qconf -ap PE_name 配置并行环境。作为用户，您只能使用qconf -spl 获取可用PE 的列表，并且可以使用qconf -sp PE_name 查询特定PE 的配置。您可以使用以下(ba)sh 脚本遍历所有 PE 并查看它们的分配规则：

for pe_name in `qconf -spl`; do
  echo $pe_name
  qconf -sp $pe_name | grep allocation_rule
done

但您应该已经在与您的 SGE 管理员交谈，而不是试图在这里证明您的题外话是正确的。

【讨论】：