使用 OS x El Capitan 加载包“clusterSim”时，R 冻结答案

【问题标题】：R freezes when loading the package 'clusterSim' with OS x El Capitan使用 OS x El Capitan 加载包“clusterSim”时，R 冻结
【发布时间】：2016-04-10 14:13:47
【问题描述】：

当我尝试加载程序包 clusterSim 时，R 冻结而没有任何输出。我是 R 新手，我不知道如何处理这个问题。我在论坛或其他文档中没有找到任何帮助。

R 中的 SessionInfo() 提供以下输出：

> sessionInfo()
R version 3.2.4 (2016-03-10)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.3 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

我尝试了以下方法，结果总是相同：

从带有软件包安装程序的 R 控制台和命令行。
从航站楼
从带有 GUI 和控制台的 R-Studio。

我也尝试删除并重新安装 R、R-Studio、包“clusterSim”及其依赖项“cluster”和“MASS”。

当尝试从源代码安装包“clusterSim”时，会在冻结之前生成以下输出：

> install.packages('clusterSim', type='source')
Installing package into ‘/Users/marc/Library/R/3.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://ftp.cixug.es/CRAN/src/contrib/clusterSim_0.44-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4155487 bytes (4.0 MB)
==================================================
downloaded 4.0 MB

* installing *source* package ‘clusterSim’ ...
** package ‘clusterSim’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c clusterSim.cpp -o clusterSim.o
clusterSim.cpp:31:19: warning: unused variable 'b' [-Wunused-variable]
double l1,m1,m2,a,b;
                  ^
1 warning generated.
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o clusterSim.so clusterSim.o -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /Users/marc/Library/R/3.2/library/clusterSim/libs
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading

谁能帮我加载这个包？如果我知道在执行加载包的命令时如何获得更多输出，这可能已经很有用了。

谢谢，

马克

【问题讨论】：

在您尝试安装软件包时，“加载”的更准确词是“安装”。您是否尝试过删除消息建议的文件夹？ /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/00LOCK-clusterSim
我可以使用二进制文件安装包。问题是，当我在与library('clusterSim') 的会话中需要它时，我无法加载它。删除该文件夹有助于使用type='source' 选项进一步安装到它冻结的位置。我相应地编辑了问题。

标签： r osx-elcapitan

【解决方案1】：

一位同学找到了解决办法：

安装https://www.xquartz.org，然后重启R，然后加载clustermsim时R不会死机。

试一试，它确实有效。

【讨论】：