使用 R 解压缩 WInZip gz 文件以获取 cax 文件

Question

我想在我的网络上解压缩一个文件，它是一个“.gz”winzip 文件，里面有一个我想要阅读的 .cax 文件。

当我跑步时

  unzip("/connect/me/test.gz", files = "test.cax",   list = TRUE, overwrite = TRUE,junkpaths = FALSE, exdir = ".", unzip = "internal")

这里出现错误

  Error in unzip("/connect/me/test.gz", files = NULL,  : 
    zip file 'connect/me/test.gz' cannot be opened

####################################### 我也试过这个：

 g<-gzfile("/connect/me/test.gz", open = "", encoding = getOption("encoding"),compression = 6)
 g

这会返回

   description                                     class                                      mode 
 "/connect/me/test.gz"                                  "gzfile"                                           "rb" 
                                 text                                    opened                                      can read 
                               "text"                                  "closed"                                        "yes" 
                            can write 
                                "yes" 

所以任何人都可以帮忙。看起来 gzfile 有潜力，但我如何读取文件？

谢谢。

Answer 1

顺便说一句：*.gz 文件，虽然它可以由 Windows 中的 WinZip 处理，但最好将其描述为 gzipped 文件。 gzip 本身只压缩单个文件，它不会生成多个文件或目录的存档。因此，当您弄清楚如何解压缩它时，您将获得未压缩的原始文件（无论有无 .cax 后缀，技术上都无关紧要）。

gzfile 仅返回一个可供其他函数使用的连接，例如read.csv() 和readLines()。您看到的输出（带有“描述”等）只是如何在控制台上打印类“连接”的目标。来自help(gzfile)：

'file'、'pipe'、'fifo'、'url'、'gzfile'、'bzfile'、'xzfile'、'unz' 并且'socketConnection'返回一个继承的连接对象 来自“连接”类，并具有第一个更具体的类。

这应该与您需要读取数据的任何函数一起使用。例如，如果你有一个 gzip 格式的 CSV，你可以这样做：

dat <- read.csv(gzfile('/path/to/test.csv.gz', header = FALSE))

所以，扩展你的例子：

g <- gzfile("/connect/me/test.gz", open = "",
            encoding = getOption("encoding"), compression = 6)
txt <- readLines(g)
close(g)              # not strictly required but good practice

我猜你有一个不同的函数来读取未压缩的文件。用它代替上面的readLines()。

顺便说一句：它正在解压缩它在内存中，这意味着您将找不到未压缩的文件。如果在内存中解压它仍然会导致问题或惊慌，您可以随时在命令行上使用gunzip /connect/to/test.gz 解压它，或者假设您的gz* 命令在您的PATH 中，您可以在R 中使用以下内容：

system2('gunzip', '/connect/to/test.gz')
txt <- readLines('/connect/to/test')    # notice no ".gz"

(压缩文件被解压缩成一个新文件，压缩文件被删除。“完成时删除”行为可以在命令行上使用-k进行更改。请参阅man gunzip了解更多信息，如果这是首选路线。）