R如何从geotiff中读取nodatavalue标签-R Raster包

Question

我遇到了一个不寻常的结果，R 中没有栅格数据值。 下面的代码——我有一个没有导入数据值的栅格（-9999）。 QGIS 也读取 nodatavalue，arcgis。 R在读取geotiff时，将nodata值分配给-INF。

我不知道为什么。但我决定尝试从头开始制作 - 结果相同。我的流程有什么问题？如何确保 R 正确读取 nodatavalues？

注意：我下面的示例是创建的栅格/geotiff。但我实际上是在进口一个组织生产的相当大的 geotiff。所以我无法控制它们的编写方式，但如果需要，我可以要求他们调整标签。

library(raster)
#create a raster from the matrix
myRaster1 <- raster(nrow=4, ncol=4)

#assign some random data to the raster
myRaster1[]<- 1:ncell(myRaster1)

myRaster1[5] <- -9999

#ensure the data have some decimals
myRaster1[2] <- 34.5

#assign no data value to raster
myRaster1@file@nodatavalue <- -9999

#make sure it worked
NAvalue(myRaster1)
myRaster1@file@nodatavalue

#view attributes of the raster
myRaster1


#write out raster
#write the geotiff - change overwrite=TRUE to overwrite=FALSE if you want to make sure you don't overwrite your files!
writeRaster(myRaster1,"newDel.tif","GTiff", overwrite=TRUE)


#import raster
newr <- raster("newDel.tif")
newr@file@nodatavalue

感谢您就 R 如何从 geotiff 导入标签提供任何建议/解释。

Answer 1

感谢您创建可重现的示例，但您创建的示例可能不是最有用的。将值分配给插槽（@ 后面的名称）是不“合法的”。除非您具有 Raster 对象的高级知识，否则您应该使用用户界面（函数、方法）。所以，永远不要这样做：

myRaster1@file@nodatavalue <- -9999

此槽中的值仅供内部使用；并且仅与从磁盘获取值的对象相关。同样，

newr@file@nodatavalue
# [1] -Inf

并不意味着"newDel.tif" 中的NA 值是以这种方式存储的。

要在写入时设置某个值，请使用writeRaster 中的可用选项。

现在，您的问题似乎是您有值 -9999 的文件应该被视为NA，但不知何故这不会发生。奇怪的是它可以在 QGIS 中工作，因为使用了相同的信息和相同的底层软件 (GDAL)。但这里有一个你可以处理的方法：

创建一个 geotiff 文件，其值为 -9999，但未被识别为 NA

library(raster)
r <- raster(nrow=5, ncol=5)
values(r) <- 1:25
r[1:5] <- -9999
writeRaster(r, 'test.tif', overwrite=TRUE)

你的情况：

x <- raster('test.tif')
plot(x)

这可能会解决它：

NAvalue(x) <- -9999
plot(x)