如何使用 ITKTools 将 4D 图像系列保存到单个 DICOM 文件？答案

【问题标题】：How to save a 4D image series to a single DICOM file using ITKTools?如何使用 ITKTools 将 4D 图像系列保存到单个 DICOM 文件？
【发布时间】：2013-01-11 22:29:06
【问题描述】：

我有几个 3D CT 扫描，我想使用 Metz 等人 (2010) 在 elastix 配准工具箱 (http://elastix.bigr.nl/wiki/index.php/Par0012) 中实现的分组配准方法进行配准。该工具要求将 4D 数据（多个 3D 图像）封装在单个文件中。我知道这可以通过 ITKTools 工具箱的“pxcastconvert”工具来实现（因为 github https://github.com/ITKTools/ITKTools/blob/master/src/castconvert/castconvert4D.cxx 中有一个“castconvert4d.cxx”），但我无法找出正确的命令行参数。用法是：

<< "pxcastconvert\n"
<< "  -in      inputfilename\n"
<< "  -out     outputfilename\n"
<< "  [-opct]  outputPixelComponentType, default equal to input\n"
<< "  [-z]     compression flag; if provided, the output image is compressed\n"
<< "OR pxcastconvert\n"
<< "  -in      dicomDirectory\n"
<< "  -out     outputfilename\n"
<< "  [-opct]  outputPixelComponentType, default equal to input\n"
<< "  [-s]     seriesUID, default the first UID found\n"
<< "  [-r]     add restrictions to generate a unique seriesUID\n"
<< "           e.g. \"0020|0012\" to add a check for acquisition number.\n"
<< "  [-z]     compression flag; if provided, the output image is compressed\n\n"

如果可能，您能否建议我如何使用 pxcastconvert 将多个 3D 图像合并到单个文件 DICOM 或 MHD 文件中？

【问题讨论】：

标签： registration dicom itk elastix

【解决方案1】：

我会推荐使用 MeVisLab。使用 DicomImport 模块，您可以将 DICOM 切片转换为 4D 卷，随后您可以使用 ImageLoad 模块打开并使用 itkImageFileWriter 模块以 ITK 格式保存。有一个免费版本的 MeVisLab 应该足以执行这些任务。

【讨论】：

感谢您的回复。然而，我需要一个快速的解决方案，最终我使用了 SPM 2012b 的 dicomimport 功能。

【解决方案2】：

您确定您提到的程序可以解决吗？因为它似乎有 cast 和 convert 功能，而不是 compose。

不知道有没有什么程序可以做到这一点，你可以看看http://www.itk.org/Wiki/ITK/Examples/VectorImages/ImageToVectorImageFilter 将 2d 标量输入更改为 3d 以及输出向量很容易。

【讨论】：