替换特定列中的值，同时保持原始格式不变答案

【问题标题】：Replace values in a specific column while maintaining the orginal format intact替换特定列中的值，同时保持原始格式不变
【发布时间】：2015-11-04 15:27:31
【问题描述】：

我的输入文件有以下格式，

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780 100.040  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560 105.560  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  75.100  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  97.600  1.00  0.00

我想用值 '32.450' 替换 8th-cloumn 中的所有值，同时保持原始格式（间距）不变。即，预期的输出应该如下所示，

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

我尝试过简单的 awk 命令

awk -F " " '{ 
   print $1" " $2" "$3" "$4" "$5" "$6" "$7" "'32.450'" "$9" "$10" 
}' input.pdb > output.pdb

但是，它未能保留原始格式。

谁能帮我找到一个更好的方法来做到这一点，最好是使用 awk 或 gawk？

【问题讨论】：

您的预期输出确实更改了输入中的空格。例如。在输入中，第一行：93.780 100.040 两个字段之间有一个空格，但在输出中，你有两个空格：93.780 32.450 请解释对齐规则。
文件为 pdb 格式。在这里，不是计算每列之间的空格，而是为每列中的值分配一组特定的空间

标签： awk gawk

【解决方案1】：

GNU awk：

gawk '
    BEGIN {FIELDWIDTHS="5 7 4 5 6 12 8 8 6 6"; OFS=""}
    {$8="  32.450"; print}
' file

输入

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780 100.040  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560 105.560  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  75.100  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  97.600  1.00  0.00

输出

 ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
 ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
 ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
 ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

【讨论】：

FIELDWIDTHS的美妙用法！
要强制使用字段宽度，这可能会更好：$8 = sprintf "%8.3f", 32.45

【解决方案2】：

如果您在示例输入中一直有固定宽度的列：

$ awk '{ print substr($0,1,47) " 32.450" substr($0,55) }' f.txt
ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

【讨论】：

【解决方案3】：

只需告诉sed 捕捉前 7 个块，跳过第 8 个并打印第 7 个后面跟着32.450。

$  sed -r 's/(( +[^ ]+){7}) +[^ ]+/\1  32.450/' file
ATOM      1 Cal  Cal     1      61.270  93.780  32.450  1.00  0.00
ATOM      2 Cal  Cal     2      12.080  65.560  32.450  1.00  0.00
ATOM     13 Cal  Cal    13      40.800  13.530  32.450  1.00  0.00
ATOM    200 Cal  Cal   200     102.620  22.520  32.450  1.00  0.00

【讨论】：