如何在列表中查找包含使用部分名称的目录和子目录中的所有文件，然后将它们复制到新文件夹答案

【问题标题】：How to find all files in a directory and subdirectories that contain using partial names within a list then copy them to a new folder如何在列表中查找包含使用部分名称的目录和子目录中的所有文件，然后将它们复制到新文件夹
【发布时间】：2020-06-08 06:15:21
【问题描述】：

您好，当我拥有文件的全名（通常我使用 rsync 或简单的 cp 命令）时，我知道如何执行此操作，但我只有部分名称。

这是我有时用于列表中文件的简单脚本：

# Run pipeline
echo "Loading "
paste sample_id.txt |while IFS="$(printf '\t')" read -r sample;

do

cd $dirpath

cp -a source_directory/"$sample"*.fastq /output directory/;done

当我有完整的文件名时，这似乎可以正常工作，但是当我有一个包含部分文件名的列表时，我希望能够运行它。

例如，我的目录包含数千个双端 fastq 文件：

ABF-0123-FGHKL_1.fastq
ABF-0123-FGHKL_2.fastq
ABG-0567-G456_1.fastq
ABG-0567-G456_2.fastq

我的样本 id 列表包含：

ABF-0123
ABG-0567

预期结果：

ABF-0123-FGHKL_1.fastq
- ABF-0123-FGHKL_2.fastq
- ABG-0567-G456_1.fastq
- ABG-0567-G456_2.fastq 谢谢！

【问题讨论】：

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使用find 你可能会发现所有文件都匹配一个模式。或者，您可以使用ls 输出文件列表并通过grep/awk/... 搜索列表。对于多个模式，您可以将其组合成一个正则表达式(pattern1|pattern2) 或重复搜索每个模式。拥有匹配文件的列表，您可以根据需要对它们进行处理，例如复制。这种方法有什么问题？

标签： linux bash grep copy cp

【解决方案1】：

您可以使用：

for sample in $(cat sample.txt); do
    find ${source_directory} ${sample}*.fastq -exec cp {} ${output_directory} \;
done

【讨论】：