从 R 中的 df 创建比较表答案

【问题标题】：Create a comparative table from a df in R从 R 中的 df 创建比较表
【发布时间】：2020-04-19 21:33:09
【问题描述】：

我有一个数据框，其中一组基因名称作为行，基因特征作为列。我的想法是创建一个带有布尔值的比较表，指示它们是否匹配一个或多个特征。

作为示例，我创建以下重新创建预期结果

首先，我在这里创建一个带有人名的个人特征列表。在我的真实数据中，它们是带有基因名称的基因特征。

Gentle <- as.character(c("Jhon", "Louis", "Mark"))
Mean <- as.character(c("Jhon", "German", "Jesse"))
Cool <- as.character(c("Louis", "Jack", "Jesse"))
Naive <- as.character(c("Walter", "German", "Mark"))

这是我已有的 df 示例，我的输入数据。

df <- data.frame(Gentle, Mean, Cool, Naive)

这里是我期望得到的，主题名称（基因名称）有一个布尔值，得到一个比较表。

result <- data.frame(Gentle = c(T,T,T,F,F,F,F), Mean = c(T,F,F,T,T,F,F),
                     Cool=c(F,T,F,F,T,T,F), Naive = c(F,F,T,T,F,F,T))
rownames(result) <- as.character(c("Jhon", "Louis", "Mark", "German", "Jesse", "Jack","Walter"))
colnames(result) <- as.character(c("Gentle", "Mean", "Cool", "Naive"))

【问题讨论】：

标签： r dataframe boolean

【解决方案1】：

我们可以从数据框中获取unique 名称，使用sapply 循环遍历每一列并使用table 获取它们的存在/不存在。

unique_name <- unique(unlist(df))
sapply(df, function(x) table(factor(x, levels = unique_name)) > 0)

#       Gentle  Mean  Cool Naive
#Jhon     TRUE  TRUE FALSE FALSE
#Louis    TRUE FALSE  TRUE FALSE
#Mark     TRUE FALSE FALSE  TRUE
#German  FALSE  TRUE FALSE  TRUE
#Jesse   FALSE  TRUE  TRUE FALSE
#Jack    FALSE FALSE  TRUE FALSE
#Walter  FALSE FALSE FALSE  TRUE

【讨论】：

【解决方案2】：

我们可以在stack 上使用table

table(stack(df)) > 0
#       ind
#values   Gentle  Mean  Cool Naive
#  German  FALSE  TRUE FALSE  TRUE
#  Jack    FALSE FALSE  TRUE FALSE
#  Jesse   FALSE  TRUE  TRUE FALSE
#  Jhon     TRUE  TRUE FALSE FALSE
#  Louis    TRUE FALSE  TRUE FALSE
#  Mark     TRUE FALSE FALSE  TRUE
#  Walter  FALSE FALSE FALSE  TRUE

或者使用pivot_longer/pivot_wider

library(dplyr)
library(tidyr)
pivot_longer(df, everything()) %>% 
   dplyr::count(name, value) %>%
   pivot_wider(names_from = name, values_from = n, 
     values_fn = list(n = ~length(.) > 0), values_fill = list(n = FALSE))

【讨论】：