Biopython，我如何只打印序列的文本？

【问题标题】：Biopython, How do I print just the text of a sequence?Biopython，我如何只打印序列的文本？
【发布时间】：2020-01-13 21:23:52
【问题描述】：

我想将序列列表放入 csv 中，但是所有内容都返回为“seq('DNA sequence')”。如何只打印 NT 序列。

primers = [Seq("CCGCGTTACATAGCATCGTACGCGTACG"),Seq("TGTTTGGTCCTGCCGGCCCTGCCTCAGCCGGATCCATGGTGAGCAAGGG")] # list is made in another function
print(primers)# Prints as "[Seq('CCGCGTTACATAGCATCGTACGCGTACG'), Seq('TGTTTGGTCCTGCCGGCCCTGCCTCAGCCGGATCCATGGTGAGCAAGGG')]"

【问题讨论】：

在打印前尝试将每个 Seq 转换为字符串。即 str(Seq(...)).
谢谢，循环完成它的工作

标签： python bioinformatics biopython

【解决方案1】：

打印Seq() 对象列表将返回repr() 表示，而不是str() 表示。解决方案是转换为str() 或单独打印每个Seq() 对象：

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> s = Seq("CCG")
>>> print(s)
CCG
>>> print([s])
[Seq('CCG')]
>>> print(repr(s))
Seq('CCG')
>>> print(repr(str(s)))
'CCG'
>>> print([str(s)])
['CCG']
>>> print(list(map(str,[s, s])))
['CCG', 'CCG']

【讨论】：