从多个 csv 文件中提取列并合并到 R 中的新数据框中

Question

我想从名为 table3_2、table3_3、table3_4、table3_5...、table3_168 的 168 个不同 .csv 文件中提取名为 X1 的列，所有这些文件都保存在一个文件夹中 (文件夹 1)。然后，合并成一个新的df。列的内容是因子。

尝试此代码但无法正常工作。

folder1 <- "folder1"
folder2 <- "folder2" # destination folder

write_to <- function(file.name) {
file.name <- paste0(tools::file_path_sans_ext(basename(file.name)), ".csv")
df <- read.csv(paste(folder1, file.name, sep = "/"), header = FALSE, sep = "/")[X1]
write.csv(df, file = past(folder2, file.name, sep= "/"))
}

files <- list.files(path = folder1, pattern = "*.csv")

lapply(X = paste(folder1, files, sep= "/"), write_to)

这会出现错误：

文件中的错误（文件，“rt”）：无法打开连接 另外：警告信息： 在文件（文件，“rt”）中： 不能经常归档folder1/folder1.csv：没有这样的文件或目录

所以，我没有调用正确的表格名称，也可能没有将 R 指向正确的文件夹（我已将 wd 设置为文件夹 1）。

任何建议将不胜感激。

非常感谢

Answer 1

有一些小问题很突出，例如您在file = past(folder2, file.name, sep= "/") 中有错字（应该是paste() 而不是past()），但也许更简单的方法会适合，例如使用vroom:

library(vroom)

files <- fs::dir_ls(glob = "table3_*csv")
data <- vroom(files, id = "ID", col_select = c(ID, X1))
data

vroom_write(data, file = "~/xx/folder2/new_df.csv")
# replace "xx" with your path

这种方法能解决您的问题吗？