将unix中的不同文件组合在一起

Question

我有一个文件夹，里面有一堆文件，我想把特定的文件放在一起。布局是这样的：

sample1_S99_L1_R1_001.fastq.gz
sample1_S99_L2_R1_001.fastq.gz

sample1_S99_L1_R2_001.fastq.gz
sample1_S99_L2_R2_001.fastq.gz

sample2_S88_L1_R1_001.fastq.gz
sample2_S88_L2_R1_001.fastq.gz

sample2_S88_L1_R2_001.fastq.gz
sample2_S88_L2_R2_001.fastq.gz

针对不同的样本等等。 我想将 sample1_S99_*_R1_001.fastq.gz 放入 1 个 gunzip 文件中。所以上面代码中分组的样本应该放在一起。

我会手动做这样的事情：

cat sample1_S99_L1_R1_001.fastq.gz sample1_S99_L2_R1_001.fastq.gz > sample1.R1.fastq.gz

和

cat sample1_S99_L1_R2_001.fastq.gz sample1_S99_L2_R2_001.fastq.gz > sample1.R2.fastq.gz

我的想法是自动化这个过程，我想出了这个：

ls | awk -F '[_.]' '{print $1}' > test.txt
sort -u test.txt > names_final.txt
while read line;do cat $line_*_*_R1_*.fastq.gz > $line.R1.fastq.gz;done < names_final.txt
while read line;do cat $line_*_*_R2_*.fastq.gz > $line.R2.fastq.gz;done < names_final.txt

我现在面临的问题是这些命令似乎将所有 R1 文件集中在一起。例如，如果我输入

ls sample1_*_*_R1_*.fastq.gz 

我只得到我想要一起分类的文件。所以我不确定我的错误是否在这里。

有人有想法吗？

提前致谢。

Answer 1

$line_*_*_R1_*.fastq.gz 被解析为${line_}*_*_R1_*.fastq.gz，因为下划线是变量名中的有效字符。带有下划线的$line_ 为空，因此由于前导星号，所以 glob *_*_R1_*.fastq.gz 匹配所有样本名称。

使用显式花括号来解决此问题。

while read line;do cat ${line}_*_*_R1_*.fastq.gz > $line.R1.fastq.gz;done < names_final.txt
while read line;do cat ${line}_*_*_R2_*.fastq.gz > $line.R2.fastq.gz;done < names_final.txt

Answer 2

我会使用双 for:

for i in {00..99}; do
   for j in 1 2; do
       cat sample1_S${i}_L*_R${j}_001.fastq.gz >> sample1.S$i.R$j.fastq.gz
   done
done

这会遍历所有文件和 cats 以及具有相同 sample1_SXX 和 _RYY 的文件。

注意两点：

• 您可能需要zcat 到cat 压缩文件。
• 使用变量定义名称范围时使用大括号：echo $a_c 尝试回显变量a_c，而echo ${a}_c 回显变量$a，然后回显_c。李>