提取和计算数据的更简单方法答案

【问题标题】：simpler way to extract and count data提取和计算数据的更简单方法
【发布时间】：2016-01-14 04:06:11
【问题描述】：

我需要从我的数据中提取特定信息并对其进行总结。

我有 246 个文件需要做同样的事情。

原来如此

 for f in *.vcf; awk -F"\t" 'NR>1 {split($10,a,":");
              count10[a[7]]++}
        END  {for (i in count10)
                if (i>0.25)
                  sum += count10[i];
              print sum }' "$f" > ${f}.txt

我为每个旧文件获取新文件，其中包含我从旧文件中提取的信息（一些整数）

然后我使用 cat 函数连接新文件以生成一个最终的大文件

有没有更简单的方法来连接所有文件而不产生单个新文件

【问题讨论】：

awk output first two columns then the minimum value out of the third and fourth columns的可能重复
示例输入数据和预期输出将提高此问题的质量。
如果没有样本输入和预期输出，我们只能猜测做任何事情的最佳方式。

标签： shell awk count cat

【解决方案1】：

您可以将代码中的最后一行更改为如下所示，然后它将继续附加到您的最终输出文件中，如下所示

for f in *.vcf; awk -F"\t" 'NR>1 {split($10,a,":");
          count10[a[7]]++}
    END  {for (i in count10)
            if (i>0.25)
              sum += count10[i];
          print sum }' "$f" >> FINAL.txt

希望这会有所帮助..

【讨论】：

【解决方案2】：

又快又脏

rm Summary.txt 2>/dev/null 
for f in *.vcf; awk -F"\t" 'NR>1 {split($10,a,":");
              count10[a[7]]++}
        END  {for (i in count10)
                if (i>0.25)
                  sum += count10[i];
              print sum >> Summary.txt }' "$f"

如果你再解释一下，shell 级别的第一个 for 可以直接使用 awk 跳过

【讨论】：

您需要引用您要重定向到的文件 ("Summary.txt")。
并且不要不必要地将输出重定向放在 awk 脚本中，把它放在外面：awk 'script' input >> output?