Python sqlalchemy：没有主键和重复值的表？

Question

我正在使用由第三方通过 sqlalchemy 创建的现有数据库。但是，我遇到了麻烦，因为表没有主键，更糟糕的是，它们的每一行都有重复的元素，所以我不能选择现有的列作为主键。这些表有两列：都有非唯一值。

我尝试按照http://www.blog.pythonlibrary.org/2010/09/10/sqlalchemy-connecting-to-pre-existing-databases/ 对表格进行猴子修补，但显然这不起作用（见下文）

我当前的代码是（MirnaTable 是我的映射类，基本上只是一个骨架，没有别的）

connection = create_engine("sqlite:///targets.sqlite")
metadata = MetaData(bind=connection)
db_table = Table("miranda", metadata,
                 Column("id", Integer, primary_key=True),
                 autoload=True)
mapper(MirnaTable, db_table)
Session = sessionmaker(connection)
session = Session()

然后我尝试例如发布

all_records = session.query(MirnaTable).all()

我得到了

sqlalchemy.exc.OperationalError: (OperationalError) no such column: miranda.id 
u'SELECT miranda.gene_id AS miranda_gene_id, miranda."mature_miRNA" AS
"miranda_mature_miRNA", miranda.id AS miranda_id \nFROM miranda' ()

所以当然找不到 id 列。关于我做错了什么的任何想法？提前致谢。

编辑：根据要求，这是表中的一个示例（直接从 sqlite 检索）：

gene  mature_miRNA 
---- -------------
80205  hsa-miR-200c 
80205  hsa-miR-200c 
9693  hsa-miR-200c 
9693  hsa-miR-200c 
9881  hsa-miR-200c 
9710  hsa-miR-200c 
9750  hsa-miR-200c 

Answer 1

您误解了您所指的帖子。您必须选择一个现有 列并将其定义为主要列。也可以通过将它们全部放在定义中来设置复合主键。在你的情况下，我认为一个基因有几个成熟的 microRNA，所以主键可能应该由 (gene_id, mature_miRNA) 对组成。由于表中没有更多字段，因此autoload=True标志中不需要。

db_table = Table("miranda", metadata,
                 Column("gene_id", Integer, primary_key=True),
                 Column("mature_miRNA", Integer, primary_key=True))

我不知道你表中的字段类型，如果不是整数，请适当更改。

Answer 2

将 sqlite 数据库的列 id 更改为 rowid

原创：

db_table = Table("miranda", metadata,
                 Column("id", Integer, primary_key=True),
                 autoload=True)

修改：

db_table = Table("miranda", metadata,
                 Column("rowid", Integer, primary_key=True),
                 autoload=True)

Answer 3

请确保 id 列首先存在，然后您已尝试过大写和小写。

也可以为表设置两个主键：

Column("id", Integer, primary_key=True),
Column("secondColumn", Integer, primary_key=True)

但是，如果任何其他行与该行完全匹配，这可能会导致更新异常。您最好重新创建表格并插入您自己的 PK 列