给我的 perl 脚本包含：
use strict;
open(IN1, "<".$ARGV[0]);
open(IN2, "<".$ARGV[1]);
open(OUT, ">".$ARGV[2]);
在开始时应该在多个 fastq 文件上运行。我不确定要使用什么命令行，以便 perl 脚本遍历文件夹中的多个文件。
我尝试的其中一条是：
perl script.pl *.fastq.gz
【问题讨论】：
IO::Uncompress::Gunzip。 （还有 Bioperl，以避免不得不尝试编写自己的 fastq 格式阅读器）
标签： perl command-line command-prompt fastq
这个程序期望被这样调用：
$ program.pl input1.dat input2.dat output.dat
所以你目前需要给它两个输入文件和一个输出文件。
如果您想将其更改为处理两个以上的输入文件，那么您（可能）仍然需要向它传递一个输出文件。可能是这样的：
$ program.pl *.fastq.gz output.dat
然后在你的代码中，你可以写：
my $outfile = pop @ARGV;
my @infiles = @ARGV;
您还必须更改打开文件句柄的代码，因为它目前被硬编码为使用两个输入文件和一个输出文件。
但是，还有其他需要考虑的事情。也许，根本不要打开任何文件。相反，将您的代码编写为 Unix 样式的过滤器。
$ program.pl input_files* > output.dat
然后只需从<>（空文件输入运算符）读取并写入STDOUT。
【讨论】：
根据问题中的三行代码，你应该给它正好三个参数：
script.pl [input file 1] [input file 2] [output file]
您尝试使用通配符不太可能正常工作（除非目录中存在正确的三个文件并且按目录列表中的正确顺序排序）。
更糟糕的是，它可能损坏了与*.fastq.gz 匹配的第三个文件，因为脚本可能试图将输出写入其中，除非脚本有足够的错误检查以发现它得到了错误数量的参数并中止 - 而且，鉴于您发布的三个 open 语句中没有错误检查，它似乎不太可能进行这样的检查。
【讨论】：
像这样运行脚本的典型用法是
perl script.pl in.1.fastq in.2.fastq out_file
# or:
perl script.pl in.1.fastq.gz in.2.fastq.gz out_file
通常，两个输入文件是 read 1 和 read 2 fastq files，配对末端测序运行的结果，例如在 Illumina 测序仪上。
在这种情况下使用 * 可能会出现问题，因为它可能会扩展到 2 个以上的文件（不是您想要的）。
要运行一对以上的 fastq 文件，请执行以下操作。制作一个每行有 1 个示例名称的文件，例如文件 samples.txt 像这样（我假设示例名称中没有空格）：
sample_a
sample_b
...
然后在每个样本上运行脚本，读取 1 和读取 2：
cat samples.txt | xargs -n1 -I{} perl script.pl {}.1.fastq {}.2.fastq {}.out
这里，xargs -n1：为每个 1 个字符串执行命令（这里，为每一行），-I{}：将单词分配给{}，然后我们将其重用于文件名.
【讨论】：