如何使 bash 脚本与一个又一个命令一起工作？答案

【问题标题】：How to make the bash script work with one command after another?如何使 bash 脚本与一个又一个命令一起工作？
【发布时间】：2018-04-03 11:49:53
【问题描述】：

我有一个如下所示的 bash 脚本。首先，它将 sorted.bam 文件作为输入并使用“stringtie”工具将每个样本 gtf 作为输出。然后每个样本 gtf 的路径将被输入到 mergelist.txt 中。然后对它们使用“stringtie merge”得到“stringtie_merged.gtf”。

我总共有 40 个 sorted.bam 文件。

for sample in /path/*.sorted.bam
do
dir="/pathto/hisat2_output"
dir2="/pathto/folder"
base=`basename $sample '.sorted.bam'`
"stringtie -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base}_GRCh38.gtf -l ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base} ${dir}/${base}.sorted.bam; ls ${dir2}/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf > mergelist.txt; stringtie --merge -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/stringtie_merged.gtf mergelist.txt"
done

我用; 分隔命令在对所有 sorted.bam 文件运行脚本并完成作业后，我看到 mergelist.txt 仅包含 33 个示例 gtf 的路径。这意味着合并 list.txt 中缺少其他 7 个示例 gtfs 的路径。

用;分隔命令是正确的还是有其他方法？

脚本应该首先使用一个命令，输出的路径需要在文本文件中给出，然后使用另一个命令。

【问题讨论】：

有什么问题？这会失败吗？
是的。我在合并列表中仅看到 33 个样本的路径。txt 没有找到其他 7 个样本的路径。此外，我看到在前 4 个样本上完成 stringtie 后，我看到了 mergelist.txt 和 stringtiemerged.gtf 文件。我需要的是它应该首先在所有样本上应用 stringtie。完成后，它应该将所有输出的路径放入文本文件中，然后对其应用 stringtie 合并。
不要引用整个stringtie 行

标签： linux bash shell bioinformatics

【解决方案1】：

您没有用分号分隔命令；您调用了一个嵌入了分号的命令。考虑一下简单的脚本：

"ls; pwd"

此脚本不调用ls，后跟pwd。相反，shell 将搜索 PATH 以查找名为 ls; pwd 的文件（即名称中带有分号和空格的文件），可能找不到并返回错误消息。您需要删除双引号。

【讨论】：

【解决方案2】：

多行有什么问题，因为你已经有不止一行了：

dir="/pathto/hisat2_output"
dir2="/pathto/folder"
for sample in /path/*.sorted.bam ;do
  base=$(basename ${sample} '.sorted.bam')
  stringtie -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base}_GRCh38.gtf -l ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base} ${dir}/${base}.sorted.bam
  ls ${dir2}/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf > mergelist.txt 
  stringtie --merge -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/stringtie_merged.gtf mergelist.txt
done

无论如何，我看不出在循环中包含第二个 stringtie 命令的意义，它应该在之后正常工作。

如果 stringtie 能够处理 STDIN，您可能会在没有 mergelist.txt 的情况下使用：

stringtie --merge -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/stringtie_merged.gtf <<< $(echo ${dir2}/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf)

【讨论】：

【解决方案3】：

你应该双引号你的变量并使用$( command )而不是反引号

base=$( basename $sample '.sorted.bam' ) : 文件名中有空格？？

喜欢：

base=$( basename "$sample.sorted.bam" ) # with or without space

如果你有空格，你必须双引号：

stringtie -p 8 \
    -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf \
    -o "$dir2/stringtie_output/$base/$base_GRCh38.gtf" \
    -l "$dir2/stringtie_output/$base/$base" \
    "$dir/$base.sorted.bam"
ls "$dir2"/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf > mergelist.txt
...

【讨论】：