R - `try`结合捕获所有控制台输出？

Question

这是我正在使用的一段代码：

install.package('BiocManager');BiocManager::install('UniProt.ws')
requireNamespace('UniProt.ws')
uniprot_object <- UniProt.ws::UniProt.ws(
  UniProt.ws::availableUniprotSpecies(
    pattern = '^Homo sapiens$')$`taxon ID`)
query_results <- try(
    UniProt.ws::select(
      x = uniprot_object,
      keys = 'BAA08084.1',
      keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
      columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')))

这个特定的键/键类型组合是非生产性的，并产生以下输出：

Getting mapping data for BAA08084.1 ... and ACC
error while trying to retrieve data in chunk 1:
  no lines available in input
continuing to try
Error in `colnames<-`(`*tmp*`, value = `*vtmp*`) : 
  attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions

在报告的两个[eE]rrors 中，只有第二个是“正确的”R 错误对象，并且在变量query_result 中相应地捕获了try 的使用。

然而，我迫切希望捕获另一个 error 位 (no lines available in input) 以通知下游程序流程。

在玩了很多 capture.output、sink、purrr::quietly 等通过 startpaging（谷歌搜索）找到的选项后，我仍然无法捕获该位。我该怎么做？

Answer 1

正如@Csd 建议的那样，您可以使用tryCatch。您所追求的消息由 R 中的 message() 函数打印，而不是 stop()，因此 try() 将忽略它。要从message() 捕获输出，请使用如下代码：

query_results <- tryCatch(
   UniProt.ws::select(
     x = uniprot_object,
     keys = 'BAA08084.1',
     keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
     columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')), 
   message = function(e) conditionMessage(e))

这将在收到任何消息时中止评估，并在query_results 中返回消息。如果您要做的不仅仅是调试，您可能希望保存消息，但继续评估。在这种情况下，请改用withCallingHandlers。例如，

saveMessages <- c()
query_results <- withCallingHandlers(
   UniProt.ws::select(
     x = uniprot_object,
     keys = 'BAA08084.1',
     keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
     columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')), 
   message = function(e) 
               saveMessages <<- c(saveMessages, conditionMessage(e)))

当我运行这个版本时，query_results 没有改变（因为后面的错误中止了执行），但是消息被保存了：

saveMessages
[1] "Getting mapping data for BAA08084.1 ... and ACC\n"                                                    
[2] "error while trying to retrieve data in chunk 1:\n    no lines available in input\ncontinuing to try\n"

Answer 2

基于@user2554330 的最佳答案，我构建了一个丑陋的东西，它完全符合我的要求：

1. 尝试执行语句
2. 不要失败
3. 不要留下丑陋的信息
4. 允许我访问errors 和messages

所以这就是它卑鄙的荣耀：

  saveMessages <- c()
  query_results <- suppressMessages(
    withCallingHandlers(
      try(
        UniProt.ws::select(
          x = uniprot_object,
          keys = 'BAA08084.1',
          keytype = 'EMBL/GENBANK/DDBJ',
          columns = c('ENSEMBL','UNIPROTKB')),
        silent = TRUE),
      message = function(e)
        saveMessages <<- c(saveMessages, conditionMessage(e))))