GLM 返回阈值的负值（截止）（在 R 中）答案

【问题标题】：GLM returning negative value for threshold (cut-off)(in R)GLM 返回阈值的负值（截止）（在 R 中）
【发布时间】：2016-12-21 23:05:18
【问题描述】：

我正在使用 GLM 进行物种分布建模。我有来自 GBIF (http://www.gbif.org/species/5846514) 的 凯门鳄 物种的（南美洲）数据和来自 Worldclim (http://worldclim.org/current) 的生物气候数据。我试图运行 GLM 以模拟物种分布（使用 dismo 包）：

modelGLM = pres ~ bioclim_10 + bioclim_11+ bioclim_16 + I(bioclim_16^2) + bioclim_17
GLM <- glm(modelGLM, family=binomial(link=logit), data=PresBackTrainRaw)
projecaoSuitability = predict(predictors, GLM, type='response')

直到这里，一切看起来都很好，但是当我尝试获取阈值（截止）时，返回负值：

library(dismo)
> evaluation=evaluate(p=presencesTest,a=backgroundTest,m=GLM,x=predictors)
> thresholdValues=threshold(evaluation,'spec_sens')  
> thresholdValues    
> [1] -2.578797

由于 glm 输出（type='response'）的范围是 0 到 1，负阈值没有意义。有人可以帮我看看有什么问题吗？

【问题讨论】：

您是否 100% 确定此计算是在概率尺度而非 logit/log-odds 尺度上进行的？
来自 ?evaluate : evaluate 似乎有一个 ... 参数用于 predict 。尝试添加type='response'
是的！这提供了正确的阈值。非常感谢！

标签： r glm dismo

【解决方案1】：

解决方案（user20650提供）：

在evaluate中添加type='response'：

库（dismo）评估=评估（p=presencesTest，a=backgroundTest，m=GLM，x=predictors，type='response'）阈值=阈值（评估，'spec_sens'）
阈值
[1] 0.07042211

【讨论】：