在 ubuntu 上使用 cElementTree 进行分段错误（核心转储）答案

【问题标题】：Segmentation fault (core dumped) with cElementTree on ubuntu在 ubuntu 上使用 cElementTree 进行分段错误（核心转储）
【发布时间】：2017-04-30 01:07:18
【问题描述】：

我正在使用 python 脚本和 cElementTree 包在 linux ubuntu 机器上解析 xml 文件。一段时间后（每次都在同一点）它会导致错误

Segmentation fault (core dumped)

这似乎是一个 C 错误，因此我认为它与我正在使用的 C 库 (cElementTree) 相关联。但是，我有点卡在如何调试这个问题上。如果我在本地 Macbook 上运行相同的程序，它可以正常工作，没有任何问题。只有在linux服务器上才会崩溃？我该如何调试呢？有人知道linux中cElementTree的问题吗？

这是我的代码

import xml.etree.cElementTree as ET
def fill_pubmed_papers_table(list_of_files):
    for f in list_of_files:
        print "read file %s" % f
        inF = gzip.open(f, 'rb')
        tree = ET.parse(inF)
        inF.close()
        root = tree.getroot()
        papers = root.findall('PubmedArticle')
        root.clear()
        for i, citation in enumerate(papers):
            write_to_db(citation)
    return

解析脚本 write_to_db() 相当长，但如果有人感兴趣，我可以提供。

【问题讨论】：

标签： python linux ubuntu elementtree celementtree

【解决方案1】：

好的不确定它是否会帮助任何人，但我找到了设置错误的原因。它实际上并没有连接到 cElementTree，而是连接到读入的文件。我不完全理解为什么会发生这种情况，但是如果我在循环结束时删除论文列表，我的代码可以正常工作，这意味着我将代码更改为

def fill_pubmed_papers_table(list_of_files):
    for i, f in enumerate(list_of_files):
        print "read file %d names %s" % (i, f)
        inF = gzip.open(f, 'rb')
        tree = ET.parse(inF)
        inF.close()
        root = tree.getroot()
        papers = root.findall('PubmedArticle')
        print "number of papers = ", len(papers)
        # we don't need anything from root anymore
        root.clear()
        for citation in papers:
            write_to_db(citation)
        # If I do not release memory here I get segfault on the linux server
        del papers
        gc.collect()
    return

我还添加了垃圾收集器以防万一，但它实际上并不需要...删除论文列表是解决问题的方法...我猜它与内存有关（？）

【讨论】：