如何使用文件的每一行作为 for 循环的参数答案

【问题标题】：How to use each line of a file as an argument to a for loop如何使用文件的每一行作为 for 循环的参数
【发布时间】：2021-05-08 04:03:45
【问题描述】：

我希望对 foo.txt 中列出的每一行执行一个命令，其中 foo.txt 的每一行都是一个文件名。

这个问题得到了很多人的大力支持，并尝试了while read，another while read，我现在正在尝试做for loop。但是，我开始认为问题出在循环体中。

#!/bin/bash
File=/mnt/d/R_projects/EC/foo.txt
Lines=$(cat $File)
for Line in $Lines
do
    echo  "fastp -i /mnt/d/R_projects/EC/download/fastq/$Line -o /mnt/e/EC/fastp_trimmed/$Line"
   ./fastp -i /mnt/d/R_projects/EC/download/fastq/$Line -o /mnt/e/EC/fastp_trimmed/$Line
done

不幸的是，我收到了错误：错误：无法打开文件：/mnt/d/R_projects/EC/download/fastq/SRR6132950_1.fastq

文件存在，并且执行less 确认。奇怪的是，回声并没有回应我的期望，而是说： " -o /mnt/e/EC/fastp_trimmed/SRR6132950_1.fastqRR6132950_1.fastq"

什么可能导致此问题？好像前半段被剪掉了一样。

【问题讨论】：

见：Looping through the content of a file in Bash
Lines=$(cat $File) 是一个 UUOc（不必要地使用 cat）。重定向是正确的方法。在你可以重定向一行并在for循环中逐行读取它之前，你需要将IFS设置为'\n'。然后你可以做for i in $(< somefile); do ...
您的文件可能包含回车符（即 CRLF 而不是 LF），因为您从 Windows 复制、访问或编辑了它。删除它们；现有的问题有数百个。
关于 DOS/Windows 文件（带有 CRLF 行结尾）的典型问题是：Are shell scripts sensitive to encoding and line endings? 您还可以在 while read 循环中修剪 CR（在 bash 中，但不是在所有其他 shell 中），使用while IFS=$'\r' read Line; do ... done <"$File"
如果你正在处理回车字符，我希望你知道你可以使用dos2unix 命令？ :-)

标签： bash for-loop

【解决方案1】：

谢谢大家，

我怀疑 Windows \r\n 在这里引起了问题，但我尝试在 nano 中删除这些并继续前进。 Notepad++ 显示了我的错误，并且能够通过 notepad++ 编辑>EOL 转换>Linux (LF) 进行修复。

我还调整了删除 cat 并添加 IFS 的建议 - suggestion 很有帮助。

#!/bin/bash
IFS=$'\n'
for Line in $(< /mnt/d/R_projects/EC/foo.txt); do
    echo  "$Line"
    echo  "fastp -i /mnt/d/R_projects/EC/download/fastq/$Line -o /mnt/e/EC/fastp_trimmed/$Line"
   ./fastp -i /mnt/d/R_projects/EC/download/fastq/$Line -o /mnt/e/EC/fastp_trimmed/$Line
done

我有大约一百万个基于文本文件运行命令的需求，这对于进一步的应用程序将非常有帮助。

【讨论】：

如果任何行可以解释为 glob，这仍然不起作用，因为未引用的命令替换将经历文件名扩展和分词。 Use a while loop.