为并行进程替换 bash for 循环

【问题标题】：Replacing a bash for loop for a parallel procell为并行进程替换 bash for 循环
【发布时间】：2013-10-07 14:27:10
【问题描述】：

我真的很难重做一个 bash for 循环以并行运行。

循环是这样的：

for i in `cat names`
do
    cp $i.pqr dum.pqr
    apbs parameters.in
    mv dum.grd $i.grd
    rm dum.grd
done

我试过这个没有成功。它告诉我“需要 -c 的参数”

for i in `cat names`
do
    cp $i.pqr dum.pqr
    parallel -j8 apbs parameters.in
    mv dum.grd $i.grd
    rm dum.grd
done

谁能告诉我我的错误？

【问题讨论】：

确切的错误信息是什么？ for 循环真的需要重现问题吗？

标签： bash loops for-loop parallel-processing gnu-parallel

【解决方案1】：

我假设 apbs 将“dum.pqr”转换为“dum.grd”。所以如果2个apbs同时运行，它们会覆盖dum.grd。您需要以某种方式确保名称是唯一的。也许使用目录：

func my_apbs {
  mkdir $1
  cp $1.pqr $1/dum.pqr
  cd $1
  apbs parameters.in
  mv dum.grd ../$1.grd
  cd ..
  rm -r $1
}
export -f my_apbs
parallel my_apbs :::: names

你没有写你是否看过介绍视频https://www.youtube.com/playlist?list=PL284C9FF2488BC6D1或浏览教程：http://www.gnu.org/software/parallel/parallel_tutorial.html

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