Python/LXML - 从 etree 获取“孙子”

Question

这是我正在遍历的 XML 树的示例：

<entry dataset="Swiss-Prot" created="1993-07-01+01:00" modified="2013-04-03+01:00" version="144">
  <accession>P31750</accession>
  <accession>Q62274</accession>
  <accession>Q6GSA6</accession>
  <name>AKT1_MOUSE</name>
  <protein>
    <recommendedName>
      <fullName>RAC-alpha serine/threonine-protein kinase</fullName>
      <ecNumber>2.7.11.1</ecNumber>
    </recommendedName>
    <alternativeName>
      <fullName>AKT1 kinase</fullName>
    </alternativeName><alternativeName>
      <fullName>Protein kinase B</fullName>
     ..........

我正在尝试访问recommendedName，这是我用来访问它的当前Python 代码：

protein = e.find("{http://uniprot.org/uniprot}protein")
r_names = []
for child in protein.find("recommendedName"):
     for subchild in child.find("fullName"):
          r_names.append(subchild.text)

e 在此上下文中表示从 <entry> 到 </entry>。当我尝试运行此代码时，我从 Python 解释器收到以下错误：

for child in protein.find("recommendedName"):
  TypeError: 'NoneType' object is not iterable

所以它告诉我 child 这里不是一个可迭代的对象。我真的不明白，因为protein 绝对是可迭代的，所以如果它是finds 它应该是可迭代的。无论如何，我将如何使用lxml API 来访问孙节点recommendedName 和alternativeName？

Answer 1

for child in protein.find("recommendedName"):
  TypeError: 'NoneType' object is not iterable

错误消息是说protein.find 正在返回None。所以没有找到recommendedName 元素。

由于您使用命名空间来查找protein，因此您可能需要使用

for child in protein.find("{http://uniprot.org/uniprot}recommendedName")

或者更好，

for child in protein.xpath("uniprot:recommendedName",
                           namespaces = dict(uniprot='http://uniprot.org/uniprot'))